借款协议中款项分两次付款是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与依据
在民间借贷领域，借款协议的签订和履行主要受到《中华人民共和国民法典》的调整。根据《民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，借款协议中约定款项分两次付款，并不违反法律的强制性规定，是合法的。
实际操作与注意事项
明确约定：在借款协议中，应当明确约定款项的支付方式、支付时间、支付金额等关键条款。如果约定分两次付款，需要具体写明每次付款的时间、金额以及付款方式（如银行转账、现金支付等）。
保留证据：无论是借款人还是出借人，在履行借款协议时，都应当保留好相关的证据，如转账记录、收据、借款协议等。这些证据在发生纠纷时，将起到至关重要的作用。
遵守约定：双方应当严格按照借款协议的约定履行各自的义务。如果一方未能按照约定履行付款义务，另一方有权要求其承担违约责任。
可能的法律后果
如果一方违约：如果借款人或出借人未能按照借款协议的约定履行付款义务，将构成违约。违约方需要承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
如果协议无效或可撤销：虽然借款协议中约定款项分两次付款是合法的，但如果协议本身存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），则协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，双方需要按照法律规定处理相关的法律后果。
示例说明
假设甲和乙签订了一份借款协议，约定甲向乙借款10万元，分两次付款：第一次在协议签订后一周内支付5万元，第二次在协议签订后一个月内支付剩余的5万元。如果甲和乙都按照协议的约定履行了各自的义务，那么这份借款协议就是合法有效的。如果甲未能按照约定支付第二次的5万元，乙就有权要求甲承担违约责任。
综上所述，借款协议中款项分两次付款是合法的。在签订和履行借款协议时，双方应当明确约定、保留证据、遵守约定，以避免发生不必要的纠纷。如果你有任何关于债务债权（民间借贷）方面的法律问题，都可以直接向我咨询。