在借款合同中约定还款时先息后本，法院在判决时通常会尊重这一约定，按照先息后本的顺序进行判决，但这一原则并非绝对，还需考虑其他因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在借款合同中，双方约定还款时先息后本，是双方真实意思的表示，只要这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，法院通常会尊重并认可这一约定。

2. 法院判决的依据：

   • 法院在判决借款合同纠纷时，会依据合同的内容以及相关法律法规进行裁决。如果合同中明确约定了还款顺序为先息后本，且这一约定合法有效，那么法院在判决时会按照这一约定进行。

3. 例外情况：

   • 约定不明确或存在争议：如果借款合同中关于还款顺序的约定不明确，或者双方对约定存在争议，法院可能会根据合同的其他条款、交易习惯以及公平原则等因素，综合判断并确定还款顺序。
   • 违反法律法规或公序良俗：如果借款合同中的约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么这一约定将被视为无效，法院在判决时不会按照这一约定进行。例如，如果约定利息过高，超过了法律规定的上限，那么超出部分的利息将不受法律保护。
   • 借款人实际还款情况：在实际操作中，如果借款人已经按照先息后本的顺序进行了部分还款，且这一还款行为得到了出借人的认可，那么法院在判决时也可能会考虑这一实际情况，按照先息后本的顺序进行裁决。

4. 法律建议：

   • 明确约定：为了避免争议和纠纷，建议在借款合同中明确约定还款顺序为先息后本，并详细说明利息的计算方式和还款期限等条款。
   • 保留证据：在还款过程中，双方应保留好相关的还款凭证和沟通记录等证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的还款行为和主张。
   • 咨询专业律师：如果双方对借款合同中的条款存在争议或不确定如何约定，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。

举例说明：假设甲向乙借款10万元，双方在借款合同中明确约定还款顺序为先息后本，年利率为10%，还款期限为一年。如果甲在还款过程中按照约定先支付了利息，再偿还了本金，且这一还款行为得到了乙的认可，那么在发生纠纷时，法院很可能会按照先息后本的顺序进行判决。

总结：在借款合同中约定还款时先息后本，法院在判决时通常会尊重这一约定。但为了避免争议和纠纷，双方应在合同中明确约定还款顺序和其他相关条款，并保留好相关的还款凭证和沟通记录等证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。