针对您提出的问题，即文件上落款有公章和法人章的位置说明，但实际只盖了公章是否有效，这需要根据具体情况和相关法律规定来综合分析。
首先，我们要明确的是，公章和法人章在文件签署中各自扮演着重要的角色。公章是公司对外作出意思表示的重要外在表现形式，它代表了公司的意志和承诺。而法人章，则是法定代表人个人身份的象征，用于确认法定代表人以公司名义进行的法律行为。
在理想情况下，一份正式的文件或合同，为了确保其法律效力和明确性，通常会同时加盖公章和法人章。公章表明这是公司的行为，而法人章则确认了这一行为是得到法定代表人授权的。
然而，在实际操作中，如果文件上只盖了公章而没有加盖法人章，其法律效力并非绝对无效。这主要取决于以下几个因素：
盖章人的权限：如果盖章的人是公司的法定代表人或者得到了法定代表人的明确授权，那么即使文件上没有加盖法人章，该文件仍然可能被视为有效。因为法定代表人的行为本身就代表了公司的意志。
交易习惯和行业惯例：在某些行业或交易中，可能存在只加盖公章而不加盖法人章的惯例。如果这种惯例被交易双方所接受，并且没有违反法律法规的强制性规定，那么这样的文件也可能被视为有效。
文件内容和目的：如果文件的内容明确、具体，且目的清晰，即使没有加盖法人章，也可能因为其内容的真实性和合理性而被认定为有效。特别是当文件涉及的是公司日常经营中的常规事务时。
相对方的认知：如果文件的相对方（如合作伙伴、客户等）在接收文件时，没有提出异议，并且按照文件的内容履行了相关义务，那么这也可以视为对文件效力的认可。
但需要注意的是，如果文件涉及重大事项（如合同变更、解除、重大资产处置等），或者盖章人没有明确的授权，那么仅加盖公章而没有加盖法人章的文件可能会面临法律效力的挑战。在这种情况下，相对方可能会要求提供更多的证据来证明文件的真实性和有效性。
综上所述，文件上只盖了公章而没有加盖法人章，其法律效力并非绝对无效，但也不是绝对有效。它取决于盖章人的权限、交易习惯和行业惯例、文件内容和目的以及相对方的认知等多个因素。因此，在实际操作中，为了确保文件的法律效力和明确性，建议尽可能同时加盖公章和法人章。如果确实无法加盖法人章，也应确保盖章人具有明确的授权，并在文件中注明相关情况。