双方合资建房建成后产权证登记在一方，双方协议分配的，该协议书在符合法律规定的情况下是有效的。以下从多个角度进行分析：

协议书有效的法律基础

1. 意思自治原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。双方合资建房并就产权分配达成协议，是双方真实意思的表示，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议就是有效的。

2. 合同效力：双方签订的协议书，本质上是一种合同。只要合同内容合法、双方意思表示真实、合同形式符合法律规定，该合同就具有法律效力。在本案例中，双方合资建房并就产权分配达成协议，符合合同成立的要件。

协议书有效的具体条件

1. 双方具备民事行为能力：签订协议书的双方必须具备完全民事行为能力，能够独立进行民事活动并承担民事责任。如果一方或双方不具备民事行为能力，那么签订的协议书可能无效。

2. 协议内容合法：协议书的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。例如，协议书中不得约定将房屋产权分配给非法组织或个人，不得约定违反国家土地政策的内容等。

3. 协议形式合法：虽然口头协议在某些情况下也具有法律效力，但为了确保协议的明确性和可证明性，建议双方采用书面形式签订协议书。书面协议书应当载明双方的基本信息、合资建房的具体情况、产权分配的具体方案、违约责任等内容，并由双方签字或盖章确认。

协议书可能无效或可撤销的情形

1. 存在欺诈、胁迫等情形：如果一方在签订协议书时存在欺诈、胁迫等情形，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了协议书，那么受欺诈或胁迫的一方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议书。

2. 显失公平：如果协议书的内容显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销。

法律建议

1. 确保协议内容明确、具体：在签订协议书时，双方应当明确、具体地约定产权分配方案、违约责任等内容，以避免后续产生纠纷。

2. 保留相关证据：双方应当保留好合资建房的相关证据，如出资凭证、建房合同、产权证书等，以便在需要时证明自己的权益。

3. 及时办理产权变更登记：如果协议书约定将房屋产权分配给一方或双方共有，那么应当及时办理产权变更登记手续，以确保产权的合法性和有效性。

4. 寻求专业法律帮助：在签订协议书或处理相关纠纷时，如果双方对法律问题存在疑问或争议，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。

总结来说，双方合资建房建成后产权证登记在一方，双方协议分配的，该协议书在符合法律规定的情况下是有效的。但为了确保协议的明确性和可证明性，以及避免后续产生纠纷，建议双方采用书面形式签订协议书，并明确、具体地约定相关内容。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。