关于您提出的“困难户住舅妈家的廉租房是否合法以及如何申请”的问题，我将从合法性和申请流程两个方面为您详细解答。

一、关于困难户住舅妈家的廉租房是否合法

首先，需要明确的是，廉租房是政府为了解决城市低收入家庭住房困难而提供的保障性住房，其分配和使用必须严格遵守国家及地方的相关法规政策。一般来说，廉租房的承租人应当是符合申请条件的家庭或个人，且承租人应当是房屋的实际居住人。

对于困难户住舅妈家的廉租房这种情况，如果舅妈是廉租房的合法承租人，且困难户作为家庭成员或共同居住人符合相关政策规定（如家庭收入、住房状况等条件），那么困难户居住在舅妈家的廉租房内，在政策层面并不构成违法。但需要注意的是，如果困难户并非舅妈家庭成员，且未经过相关部门审核批准，擅自居住在舅妈家的廉租房内，则可能违反相关规定。

二、关于如何申请廉租房

申请廉租房需要遵循国家及地方层面的相关法规政策，包括《公共租赁住房管理办法》、《国务院关于解决城市低收入家庭住房困难的若干意见》、《廉租住房保障办法》以及各地的具体实施细则。以下是申请廉租房的一般流程：

1. 了解申请条件：

   • 具有当地城镇非农业户口；
   • 在当地工作或居住；
   • 家庭收入、财产低于当地规定的低收入标准；
   • 无房或现有住房面积低于当地规定的住房困难标准。

2. 准备申请材料：

   • 家庭成员身份证明、户籍证明；
   • 婚姻状况证明；
   • 收入及财产状况证明（如工资单、银行流水、房产证明等）；
   • 住房状况证明（如无房证明、现有住房面积证明等）。

3. 提交申请：

   • 向当地街道办事处或乡镇人民政府提出书面申请，并提交相关证明材料。

4. 审核与公示：

   • 相关部门会对申请人的家庭收入、住房状况等进行调查核实；
   • 根据调查结果确定是否符合申请条件，符合条件的会予以公示，并登记为轮候对象。

5. 轮候与配租：

   • 公示无异议后，申请人将进入轮候阶段；
   • 当有合适的廉租房房源时，相关部门会根据轮候顺序和申请人条件进行配租。

三、注意事项

• 在申请前，建议您先咨询当地住房城乡建设（住房保障）主管部门或街道办事处，以了解具体的申请流程和要求，因为各地政策可能有所不同。
• 确保您提供的申请材料真实、完整、有效，以避免因材料问题导致申请失败或延误。
• 遵守法律法规和政策要求，确保申请过程的合法性和有效性。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。