结论：女方父亲有案底并不直接决定女方能否与军人结婚，而是需根据案底的性质、严重程度以及部队的政治审查要求来综合判断。一般情况下，普通犯罪案底对军婚影响较小，但涉及严重危害国家安全等犯罪的案底可能会增加政审难度。
从法律规定层面分析
我国现行法律法规并未明确禁止女方父亲有案底时，女方与军人的婚姻关系。依据《军队人员婚姻管理若干规定》等相关法规，军队人员的结婚对象应政治可靠、思想进步、品行端正。这主要关注的是拟结婚对象本人的政治背景、社会关系等情况。换言之，法律及军队规定更侧重于考察女方本人的政治立场和品行，而非其家庭成员的过往记录。
从实际审查层面分析
普通犯罪案底：
- 若女方父亲的案底属于情节较轻、社会危害性较小的犯罪，如普通的经济犯罪，并且刑罚已经执行完毕，那么对女方与军人的结婚影响通常较小。
- 在政治审查过程中，部队会全面考量，只要女方本人政治合格、品行良好，一般不影响军婚的缔结。
严重危害国家安全等案底：
- 如果女方父亲涉及危害国家安全、涉黑涉恶等严重犯罪，这可能会增加女方通过政治审查的难度。
- 鉴于军队对国家军事安全的严格要求和保持军队纯洁性的考虑，这类案底可能会引发更为严格的审查和评估。
- 不过，最终能否结婚并非单纯由女方父亲的案底决定，还需结合女方本人的表现、态度以及对军队的忠诚度等多方面因素。
特殊情况考虑：
- 如果军人从事的是涉及军事机密的高科技工作，那么非军人一方（包括其家庭成员）若有危害国家利益的犯罪记录，就可能成为双方结婚的障碍。
- 因为这种情况下，非军人一方的行为可能会对军人的工作安全构成潜在威胁，需要特别审慎对待。
建议与对策
- 详细了解案底情况：包括案件的性质、严重程度、判决结果以及是否涉及国家安全或刑事犯罪等，以便全面评估后续可能的影响。
- 与伴侣坦诚沟通：说明女方父亲的情况，共同商讨应对策略，确保双方的理解和支持。
- 准备必要的材料：根据军队要求准备相关证明材料，如女方父亲的判决书、改造表现证明等，以便军队对情况进行全面评估。
- 严格遵守军队规定：在整个过程中应严格遵守军队的相关规定和程序，确保所有行动都符合法律法规和军队纪律。
在处理这类问题时，建议双方保持冷静和理性，通过全面的法律咨询和准备，更有效地保障双方的合法权益，促进婚姻关系的顺利建立与发展。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。