结论：男朋友当兵的情况下，女方父亲有案底并不直接构成法律上的结婚障碍，但可能会在政治审查、心理层面及家庭关系上带来一定挑战。以下是对此问题的详细分析：
一、法律与政治审查层面
法律基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关婚姻法规，只要男女双方符合自愿、达到法定婚龄、无禁止结婚的亲属关系等基本条件，即可正常进行婚姻登记。女方父亲有案底并不属于法律禁止结婚的情形。
政治审查：
- 军队对军婚实行政治审查，会综合考虑女方父亲的案底性质，如是否为严重刑事犯罪、犯罪的严重程度及时间远近等。
- 轻微或过往很久的违法记录通常不会对军婚审批产生实质性影响。但严重的、性质恶劣的刑事犯罪记录，如涉及危害国家安全、涉黑涉恶等，可能会增加审查的严格程度，甚至影响军婚的审批。
二、心理与家庭关系层面
心理调适：
- 军人一方可能需要时间来接受和消化女方父亲有案底的情况。夫妻双方应坦诚沟通，理解对方的想法和担忧，共同面对这一状况。
- 必要时可寻求心理咨询或支持，以维护双方的心理健康，确保婚姻关系的稳定。
家庭关系维护：
- 女方父亲有案底可能在一定程度上影响家庭关系，尤其是在与军人一方家庭相处时。夫妻双方需共同努力维护家庭和谐，避免因此引发不必要的矛盾。
- 在处理与女方父亲的关系时，应妥善把握分寸，既尊重亲情又考虑到军人职业的特殊性和家庭整体氛围。
三、实际操作建议
详细了解案底情况：
- 包括案件的性质、严重程度、判决结果以及是否涉及国家安全或刑事犯罪等，以便全面评估后续可能的影响。
与伴侣坦诚沟通：
- 说明女方父亲的情况，共同商讨应对策略，确保双方的理解和支持。通过沟通，可以增进彼此的了解和信任，为婚姻关系的稳定打下基础。
准备必要的材料：
- 根据军队要求准备相关证明材料，如女方父亲的判决书、改造表现证明等。这些材料有助于军队对情况进行全面评估，做出客观公正的判断。
严格遵守军队规定：
- 在整个过程中应严格遵守军队的相关规定和程序，确保所有行动都符合法律法规和军队纪律。这有助于维护军队的纯洁性和稳定性，也是对婚姻关系的尊重和保护。
总结与建议：面对女方父亲有案底的情况，在军婚中需要综合考虑法律、政治审查、心理及家庭关系等多个方面。通过谨慎处理、积极沟通和准备充分的材料，可以有效应对这一挑战，确保婚姻的顺利进行和家庭的和谐稳定。如果你有任何具体的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律支持。