上司要求停职留薪不一定合法，具体需根据实际情况来判断。

首先，我们要明确“停职留薪”这一行为通常涉及到劳动合同的变更或解除，以及员工权益的保护。在劳动法律关系中，雇主和员工之间的权利与义务是受到严格法律保护的。

1. 合同依据：如果劳动合同中明确规定了在某些特定情况下，雇主有权要求员工停职留薪，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么雇主按照合同约定执行可能是合法的。但这种情况下，雇主也需要确保停职留薪的决定符合合同约定的条件和程序。

2. 法律依据：在没有合同明确约定的情况下，雇主想要对员工实施停职留薪，就必须依据相关的法律法规。例如，如果员工因严重违反公司规章制度或法律法规而被停职，且这一停职决定符合法律规定的条件和程序，那么停职留薪可能是合法的。但如果是无故或非法停职，就侵犯了员工的合法权益。

3. 员工权益保护：在任何情况下，员工都有权了解自己的停职留薪原因，并有权对不合理的决定提出异议。如果员工认为自己的停职留薪是不合法的，可以通过劳动仲裁或诉讼等方式来维护自己的权益。

综上所述，上司要求停职留薪的合法性取决于具体的合同约定、法律法规以及员工权益的保护情况。如果你面临这样的情况，建议首先查看自己的劳动合同和相关法律法规，了解自己的权益和义务；如果认为停职留薪是不合法的，可以及时向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和支持。