核心结论：在合作协议中，若一方已被一个法院确认违约并需赔偿，在另一个法院处理同一案件时，通常会遵循“一事不再理”原则及既判力规则，但具体处理方式还需考虑案件的具体情况。以下从不同角度进行详细分析：

1. 一事不再理原则：

   • 法律解释：一事不再理原则是民事诉讼中的一项重要原则，它指的是对于已经发生法律效力的判决、裁定，当事人不得就同一事实和理由再次向法院提起诉讼。这是为了维护司法裁判的稳定性和权威性，避免重复诉讼和矛盾判决。
   • 应用情况：若一方已被一个法院确认违约并需赔偿，且该判决已发生法律效力，那么在另一个法院处理同一案件时，通常会直接引用该判决的结果，不再对同一事实和理由进行重复审理。

2. 既判力规则：

   • 法律解释：既判力是指法院作出的生效判决对当事人和法院具有的拘束力。它要求当事人必须遵守生效判决，法院在后续诉讼中也不得作出与之相矛盾的判决。
   • 应用情况：在另一个法院处理同一案件时，若该案件的核心事实和法律关系与已生效判决相同，那么该法院通常会认可并尊重已生效判决的既判力，直接依据该判决的结果进行裁判。

3. 特殊情况下的处理：

   • 新证据或新事实：如果在另一个法院处理案件时，出现了新的证据或新的事实，这些证据或事实足以改变原判决的结果，那么该法院可能会对案件进行重新审理。但这种情况较为罕见，且需要严格的证据规则和程序要求。
   • 程序瑕疵或违法：如果原判决存在程序瑕疵或违法情况，如审判程序不合法、证据不足等，那么另一个法院在处理同一案件时，可能会根据相关法律规定对原判决进行撤销或改判。但这种情况也需要严格的法律程序和证据支持。

4. 法律建议：

   • 尊重生效判决：对于已被法院确认违约并需赔偿的一方，应尊重并履行生效判决的结果，避免再次陷入诉讼纠纷。
   • 及时沟通协商：如果双方对判决结果有异议或存在其他争议，应及时通过沟通协商的方式解决，以减少诉讼成本和时间成本。
   • 寻求法律援助：如果双方无法自行解决争议，可以寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

进一步思考：在处理合作协议纠纷时，双方应尽可能通过协商和调解的方式解决争议，以维护合作关系的稳定和持续。如果确实需要诉讼解决，也应尊重法院的裁判结果，避免无谓的重复诉讼和矛盾判决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。