结论：电动自行车被检测为机动车，无证驾驶能否作为保险公司免责理由，需分情况讨论，不能一概而论。具体如下：

1. 保险合同条款的约定
   • 若保险合同明确约定无证驾驶属于免责情形：在一般的保险合同中，保险公司会通过格式条款将无证驾驶等违法驾驶行为列为免责事由。当电动自行车被鉴定为机动车后，驾驶人若未取得相应机动车驾驶证，此时若保险合同中有明确且清晰的条款规定无证驾驶导致的事故保险公司免责，那么保险公司通常可以依据该条款拒绝承担赔偿责任。这是因为保险合同是双方自愿签订的，双方都应当受到合同条款的约束。例如，在机动车交通事故责任强制保险条款和商业第三者责任险条款中，大多会明确将无证驾驶列为免责范围。
   • 若保险合同未明确约定或约定不明：如果保险合同中没有明确提及电动自行车被鉴定为机动车后无证驾驶的免责情况，或者条款表述模糊，难以确定是否适用于该情形，那么保险公司不能简单地以无证驾驶为由免责。根据《民法典》关于合同解释的规定，对于格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。在这种情况下，法院或仲裁机构可能会倾向于保护投保人的利益，认定保险公司不能免责。
2. 保险公司的提示和说明义务
   • 保险公司已尽到提示和说明义务：根据《保险法》规定，保险公司对保险合同中的免责条款，应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明；未作提示或者明确说明的，该条款不产生效力。如果保险公司能够提供证据证明在投保时，已经就无证驾驶免责这一条款向投保人进行了充分的提示和说明，比如让投保人在含有免责条款的声明上签字确认、对免责条款进行了单独的讲解等，那么当出现电动自行车被鉴定为机动车且驾驶人无证驾驶的情况时，保险公司可以依据该免责条款拒绝赔偿。
   • 保险公司未尽到提示和说明义务：若保险公司无法证明其已经履行了上述提示和说明义务，那么即使保险合同中有无证驾驶免责的条款，该条款也不产生法律效力。在这种情况下，保险公司不能以无证驾驶为由免除赔偿责任，而应当在保险责任范围内对被保险人或第三者的损失进行赔偿。
3. 事故与无证驾驶的因果关系
   • 无证驾驶是事故发生的主要原因：如果经调查认定，电动自行车被鉴定为机动车后驾驶人无证驾驶的行为是导致本次交通事故发生的主要原因，与事故的发生存在直接的因果关系，那么保险公司通常可以依据免责条款拒绝赔偿。因为无证驾驶本身是一种严重的违法行为，增加了交通事故发生的风险，保险公司有权拒绝为这种违法行为导致的后果承担赔偿责任。
   • 无证驾驶与事故发生无直接因果关系：若虽然驾驶人存在无证驾驶的情况，但事故的发生主要是由于其他原因导致的，如第三方突然违规变道、道路设施存在缺陷等，无证驾驶与事故的发生没有直接的因果关系，那么保险公司不能简单地以无证驾驶为由免责。在这种情况下，保险公司仍需在保险责任范围内对事故造成的损失进行赔偿。

建议：如果遇到此类情况，建议及时收集相关证据，如保险合同、事故认定书、保险公司的提示和说明材料等，以便在必要时维护自己的合法权益。若对保险公司的理赔决定有异议，可以通过协商、仲裁或诉讼等方式解决争议。如有进一步疑问，可直接向我咨询。