犯罪所得款与登记上交款在法律性质、来源、处理方式及法律后果上均存在显著区别，以下从多个角度为您详细分析：

1. 法律性质与来源

• 犯罪所得款：指通过犯罪行为直接或间接获得的财物，包括现金、物品、财产性利益等。其本质是违法所得，具有非法性。例如，盗窃所得现金、诈骗所得转账资金均属于犯罪所得。
• 登记上交款：通常指行为人主动将与案件无关或虽有关但已合法处置的财物，向司法机关或相关部门登记并上交。其来源可能是合法收入、继承财产等，上交目的是配合调查或履行法定义务。例如，行为人主动上交他人赠与的合法财物，或上交与案件无关的自有资金以证明清白。

2. 处理方式与法律后果

• 犯罪所得款：
  • 追缴与没收：根据《刑法》第六十四条，犯罪所得应依法追缴或责令退赔，退赔后仍有剩余的，予以没收上缴国库。
  • 证据作用：犯罪所得款是证明犯罪行为的重要物证，其流向、金额等可能直接影响定罪量刑。
  • 法律责任：若行为人隐匿、转移犯罪所得，可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得罪，面临刑事处罚。
• 登记上交款：
  • 程序性处理：司法机关会登记上交财物的来源、性质及金额，若与案件无关，通常返还上交人；若涉及案件但已合法处置（如已缴纳税款），可能作为证据使用但不追缴。
  • 法律后果：主动登记上交可能被视为认罪态度良好，在量刑时作为从轻情节考虑；若上交财物与案件无关，则不产生法律责任。

3. 典型案例对比

• 案例1（犯罪所得款）：甲因诈骗获得10万元，司法机关查实后依法追缴并返还被害人，剩余部分没收。甲若试图转移资金，可能被追加掩饰、隐瞒犯罪所得罪。
• 案例2（登记上交款）：乙被怀疑参与贪污，但主动上交其合法继承的房产证以证明无关联财产。司法机关核实后，房产证作为证据使用但未追缴，乙因配合调查获得从轻处理。

4. 实务建议

• 若涉及犯罪所得：务必停止任何转移、隐匿行为，立即委托律师协助处理，争取从宽处罚。
• 若需登记上交：建议保留上交财物的合法来源证明（如转账记录、合同等），并书面说明上交目的，避免后续纠纷。
• 区分关键：核心在于财物是否与犯罪行为直接关联。若存在疑问，可要求司法机关出具《财物处理决定书》明确性质。

总结：犯罪所得款是违法所得，必然面临追缴与法律责任；登记上交款是合法或已处置的财物，上交行为可能产生积极法律效果。两者性质截然不同，处理方式需严格依据法律规定。如有具体案件或财物性质疑问，可直接向我咨询，我将结合案情进一步分析。