公司员工贪污运费可能面临多种法律后果，具体取决于贪污的金额、情节以及公司的处理方式。以下从不同角度为您详细分析：
一、刑事法律后果
贪污罪或职务侵占罪：
- 如果员工是国有企业、事业单位或人民团体中从事公务的人员，或者受国有单位委派到非国有单位中从事公务的人员，利用职务上的便利贪污运费，可能构成贪污罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条和第三百八十三条，贪污数额较大或者有其他较重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
- 如果员工是非国家工作人员，利用职务上的便利将本单位财物非法占为己有，数额较大的，可能构成职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，职务侵占数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
其他相关犯罪：
- 如果员工在贪污运费的过程中，还涉及伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章，或者伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章等行为，可能同时构成其他犯罪，如伪造公司印章罪等，将面临数罪并罚的后果。
二、民事法律后果
返还财产：
- 无论员工是否构成犯罪，其贪污运费的行为都侵犯了公司的财产权。公司有权要求员工返还贪污的运费，并可以要求员工赔偿因贪污行为给公司造成的其他损失。
赔偿损失：
- 如果员工的贪污行为导致公司遭受了额外的经济损失，如因运费未支付而产生的滞纳金、违约金等，公司有权要求员工进行赔偿。
三、公司内部处理
纪律处分：
- 公司可以根据内部规章制度对贪污运费的员工进行纪律处分，如警告、记过、降职、撤职、开除等。这些处分措施旨在维护公司的纪律和秩序，防止类似行为再次发生。
解除劳动合同：
- 如果员工的贪污行为严重违反了公司的规章制度或劳动合同中的约定，公司有权解除与员工的劳动合同，并无需支付经济补偿金。
四、建议与措施
加强内部管理：
- 公司应建立健全的财务管理制度，加强对运费等财务支出的审核和监督，防止员工利用职务之便进行贪污。
及时报警并配合调查：
- 如果公司发现员工贪污运费的行为，应及时向公安机关报案，并积极配合公安机关的调查工作，以便尽快查明事实真相，维护公司的合法权益。
寻求法律帮助：
- 在处理员工贪污运费的问题时，公司可以寻求专业律师的帮助，以便更好地了解法律程序和法律责任，制定合理的应对策略。
总之，公司员工贪污运费可能面临刑事、民事以及公司内部处理等多方面的法律后果。公司应加强内部管理，及时发现并处理此类行为，以维护公司的合法权益和正常运营秩序。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。