结论：夫妻离婚时，营业执照的变更或协议处理需根据具体情况而定，不能简单通过一纸协议直接替代营业执照的法定变更程序，但可通过协议明确相关权益与责任，并依法办理变更或备案手续。

1. 营业执照的法定变更要求
   根据《公司法》及《市场主体登记管理条例》，营业执照上的经营者或法定代表人信息属于法定登记事项。若夫妻离婚导致原登记的经营者（如个体工商户）或法定代表人（如公司股东）发生变更，必须依法向市场监管部门申请变更登记，否则可能面临行政处罚（如罚款、责令改正），甚至影响经营活动的合法性。
   例如：若营业执照登记为夫妻一方姓名，离婚后实际由另一方经营，需办理经营者变更；若为公司，需通过股东会决议修改法定代表人或股权结构，并完成工商变更。

2. 协议的法律效力与局限性
   夫妻可签订离婚协议或经营权分割协议，明确营业执照的归属、使用权限、债务承担等事项，但协议仅对双方具有约束力，不能对抗第三人或免除法定变更义务。
   例如：若未办理变更登记，第三方仍可能以营业执照登记信息为由，认定原经营者为合同相对方，导致实际经营者承担法律风险。

3. 实务操作建议

   • 个体工商户：若离婚后由一方继续经营，需双方签署《转让协议》，并持离婚证明、协议等材料到市场监管部门办理经营者变更。
     
   • 公司企业：需通过股东会决议修改章程、变更法定代表人或股权，完成工商变更登记；若涉及股权分割，还需办理税务登记变更。
     
   • 协议补充：在变更登记前，可通过协议约定过渡期内的经营责任、债务承担等，降低法律风险。

4. 风险提示
   若仅签订协议而未办理变更登记，可能面临：

   • 行政处罚：市场监管部门可责令限期改正，逾期不改的处以罚款；
     
   • 民事纠纷：第三方可能依据营业执照登记信息主张权利，导致实际经营者损失；
     
   • 税务风险：税务机关可能仍以原登记信息认定纳税义务人。

总结：离婚时营业执照的处理需“协议+变更”双管齐下：通过协议明确内部权益，再依法完成变更登记以确保对外合法性。如有具体经营主体类型或协议条款设计需求，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供详细方案。