结论前置：

1. 通常情况下，单位请年假不应扣除全勤奖，因为年假是法律赋予劳动者的合法权益，休假期间应视为正常出勤。
2. 但具体是否扣除全勤奖，还需依据单位规章制度及劳动合同内容确定。若单位规定或合同约定休年休假会扣除全勤奖，且该规定或约定合法有效，则用人单位有权扣除全勤奖。

法律分析：

1. 年假的法定性：

   • 根据《职工带薪年休假条例》的规定，劳动者连续工作1年以上的，依法享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
   • 年假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。

2. 全勤奖的性质与年假的认定：

   • 全勤奖是单位为激励员工工作积极性和效率而设置的奖惩制度，通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励。
   • 年假作为劳动者的法定待遇，其申请和休假过程均遵循公司规定的流程，并经过批准。因此，年假与无故缺勤等违反出勤纪律的行为有本质区别，不应被纳入影响全勤奖评定的范畴。

3. 单位规定与劳动合同的作用：

   • 单位可以依法制定规章制度，规定全勤奖金的发放条件。这些规定应当合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 如果劳动合同或单位规章制度中明确规定休年休假会扣除全勤奖，并且这些规定已经明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定对劳动者具有约束力。但这样的规定可能因不合理而引发争议，劳动者在遇到此类情况时，有权提出异议并寻求法律援助。

4. 实际操作建议：

   • 查看公司规定：员工在请年假前，应仔细查阅公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，了解年休假与全勤奖的具体规定。
   • 沟通协商：如果公司规定中存在不明确或不合理之处，员工应与人力资源部门进行沟通协商，寻求合理的解决方案。例如，可以提出将年假视为正常出勤，不影响全勤奖的发放。
   • 维护权益：若公司拒绝遵守法律规定或合理规定，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

特殊情况处理：

• 若单位因员工休年休假而扣除全勤奖，且该行为违反了法律法规或劳动合同约定，员工有权要求单位补发全勤奖，并可能因此获得相应的经济补偿。
• 在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，如请假记录、工资条、公司规定等，以便在需要时提供证明。

总结与建议：

• 休年假是劳动者的法定权利，且休假期间视为正常出勤，享有与正常工作期间相同的工资待遇。因此，从法律原则上讲，单位不应因员工休年假而扣除其全勤奖。
• 但具体是否会影响全勤奖，还需参考公司的具体规定及劳动合同中的相关条款。员工在请年假前，应充分了解自己的权益和公司规定，以便在必要时采取适当的行动来维护自己的合法权益。
• 如有任何疑问或遇到纠纷，员工可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。