结论是：二级水源地上的建筑能否用《城乡规划法》拆除，需视具体情况而定，主要取决于该建筑是否违反了城乡规划以及是否对水源地造成实质性影响。以下从几个角度进行详细分析：

1. 《城乡规划法》的适用范围：

   • 《城乡规划法》主要规范的是城乡规划的制定、实施、修改以及违反城乡规划行为的处理。它适用于城市、镇规划区内的建设活动，以及乡、村庄规划区内的乡、村庄规划的制定和实施。
   • 如果二级水源地上的建筑位于城乡规划区内，且该建筑的建设违反了城乡规划，那么根据《城乡规划法》的相关规定，相关部门有权对该建筑进行查处，包括责令停止建设、限期改正、罚款，甚至在严重情况下可以拆除。

2. 水源地保护的相关法规：

   • 除了《城乡规划法》外，水源地的保护还受到《水污染防治法》、《水法》等相关法律法规的规范。这些法规对水源地的保护范围、保护措施以及违法行为的处罚都有明确规定。
   • 如果二级水源地上的建筑对水源地造成了污染或破坏，即使该建筑不违反城乡规划，也可能根据水源地保护的相关法规被要求拆除或采取其他补救措施。

3. 建筑合法性与拆除的必要性：

   • 在考虑是否用《城乡规划法》拆除二级水源地上的建筑时，还需要评估该建筑的合法性。如果建筑是合法建设的，且没有违反城乡规划或水源地保护的相关规定，那么拆除的必要性就较低。
   • 如果建筑是违法建设的，或者虽然合法但违反了水源地保护的相关规定（如位于禁止建设区域、对水源地造成污染等），那么拆除的必要性就较高。

4. 实际操作中的考量因素：

   • 在实际操作中，相关部门在决定是否拆除二级水源地上的建筑时，还会考虑多种因素，如建筑的使用功能、对水源地的影响程度、拆除的可行性以及社会影响等。
   • 如果建筑对水源地的影响较小，且拆除会带来较大的社会影响或经济损失，相关部门可能会选择采取其他补救措施（如加固、改造、迁移等）而不是直接拆除。

建议：

• 如果您是二级水源地上建筑的所有者或使用者，且担心该建筑可能因违反城乡规划或水源地保护规定而被拆除，建议您先咨询当地城乡规划部门或环保部门，了解该建筑的具体情况和相关法规要求。
• 如果您认为相关部门对建筑的拆除决定存在争议或不合理之处，您可以寻求法律援助或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

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