在非法占用农用地案件办理过程中，若土地手续后续办下来了，需要分情况来探讨后续的处理方式，以下是具体分析：
若在案件侦查、审查起诉阶段办下合法手续
- 对案件性质的影响：非法占用农用地罪侵犯的法益是国家对农用地的保护制度。如果在案件处于侦查或审查起诉阶段时，行为人补办了合法的土地使用手续，这表明其占用农用地的行为在形式上获得了合法性认可。但这并不意味着行为人的行为就不构成犯罪了，还需要综合考量占用农用地的面积、对农用地造成的损害程度等因素。如果占用农用地的面积达到了刑事立案标准，且对农用地造成了严重破坏，即使后续补办了手续，仍然可能构成非法占用农用地罪。不过，补办手续这一情节可能会作为量刑情节予以考虑，例如可能会酌情从轻处罚。
- 后续程序走向：侦查机关可能会根据新的情况，重新评估案件的证据和犯罪情节，将补办手续的相关证据一并移送检察机关。检察机关在审查起诉时，会全面审查案件事实和证据，包括补办手续的情况，然后决定是否提起公诉。如果认为犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定；如果认为仍然构成犯罪，则会向法院提起公诉。
若在法院审理阶段办下合法手续
- 对定罪的影响：同样，补办手续本身不能直接否定之前非法占用农用地行为的违法性。法院在审理案件时，会以事实为依据，以法律为准绳，综合考虑案件的各种因素。如果占用农用地的行为在补办手续前已经对农用地造成了不可逆转的严重破坏，达到了非法占用农用地罪的定罪标准，那么法院仍然会认定行为人构成犯罪。但补办手续可以作为行为人认罪、悔罪态度的一种体现，在量刑时予以考虑。
- 对量刑的影响：根据相关法律规定和司法实践，对于犯罪后积极采取补救措施，如补办土地手续、恢复土地原状等，减轻犯罪后果的行为，法院在量刑时一般会酌情从轻处罚。具体的从轻幅度会根据补办手续的时间、对农用地恢复的程度等因素来确定。例如，如果行为人在案发后立即积极补办手续，并且对被占用的农用地进行了有效的恢复，那么法院可能会在法定刑幅度内选择较轻的刑罚或者适用缓刑。
在处理这类案件时，行为人及其辩护人可以积极收集和提供补办土地手续的相关证据，如土地审批文件、缴费凭证等，以证明行为人的认罪、悔罪态度和积极补救行为，争取从轻处理。如果你还有其他关于非法占用农用地案件的问题，欢迎随时向我咨询。