针对“非法占用农用地后补办手续的如何认定”这一问题，首先需要明确的是，非法占用农用地本身是一种违法行为，它违反了土地管理法规，改变了被占用土地的用途，且通常会造成耕地、林地等农用地的大量毁坏。根据刑法的相关规定，这种行为可能构成非法占用农用地罪，需要承担刑事责任。

现在，我们来具体探讨非法占用农用地后补办手续的情况：

1. 补办手续的性质：

   • 补办手续并不能消除非法占用农用地这一违法行为的事实。即使后续补办了相关手续，也不能抹去之前的非法行为。
   • 补办手续可能是在被查处后，为了减轻法律责任或寻求合规性而进行的。但这并不意味着可以逃避之前的违法责任。

2. 补办手续对认定的影响：

   • 在法律上，补办手续可能被视为一种悔罪表现或整改行为，但并不能直接决定非法占用农用地的性质或法律责任。
   • 法院或相关执法机关在认定时，会综合考虑补办手续的情况，但更重要的是会依据非法占用农用地的事实、情节、后果以及补办手续的时机、动机等因素来作出判断。

3. 法律责任的承担：

   • 非法占用农用地的行为人，无论是否补办了手续，都需要承担相应的法律责任。这可能包括刑事责任、行政责任以及民事赔偿责任等。
   • 补办手续可能在一定程度上影响法律责任的轻重，但并不能完全免除法律责任。

4. 建议与启示：

   • 对于任何单位或个人来说，都应该严格遵守土地管理法规，不得非法占用农用地。
   • 如果已经发生了非法占用农用地的行为，应尽快停止违法行为，主动恢复原状，并依法承担法律责任。
   • 补办手续虽然重要，但更重要的是要增强法律意识，遵守法律法规，避免类似违法行为的再次发生。

综上所述，非法占用农用地后补办手续并不能改变非法占用的性质或免除法律责任。在处理这类问题时，应综合考虑各种因素，依法作出公正、合理的认定和处理。