结论：在一般情况下，有判决书又有调解书，但调解未履行时，不能直接按判决书执行，而应依据调解书申请执行，不过也存在一些特殊情况需要具体分析。

依据调解书申请执行是原则

根据相关法律规定，调解书是人民法院依法作出的具有法律效力的文书，和判决书具有同等的法律效力。当双方达成调解协议并由法院制作调解书后，如果一方不履行调解书确定的义务，另一方应当依据该调解书向法院申请执行。这是因为调解书是双方自愿协商并经法院确认的结果，体现了双方对自身权利义务的处分，法院会以调解书为依据来保障当事人的合法权益得以实现。例如，甲和乙因合同纠纷在法院主持下达成调解协议，约定乙在一个月内支付甲货款 10 万元，法院据此制作了调解书。若一个月后乙未支付，甲就应当依据这份调解书向法院申请强制执行，而不是依据之前可能存在的判决书。

特殊情况分析

1. 调解书被撤销或确认无效：如果在后续的诉讼程序中，调解书被法院依法撤销或者确认无效，那么此时调解书就不再具有法律效力。若之前存在有效的判决书，且判决书的判决内容与该纠纷相关且未被撤销或改变，那么当事人可以依据判决书申请执行。比如，在甲和乙的合同纠纷中，后来发现调解过程中存在欺诈、胁迫等情形，法院撤销了调解书，而之前关于该合同纠纷的判决书仍然有效，此时甲就可以依据判决书申请执行。
2. 调解书与判决书内容存在冲突且调解书存在法定无效情形：当调解书和判决书的内容存在冲突，同时调解书存在违反法律、行政法规强制性规定或者违背公序良俗等法定无效情形时，判决书可能会被作为执行的依据。但这种情况比较复杂，需要法院进行严格的审查和判断。例如，调解书约定乙无需支付甲任何货款，而判决书判决乙需支付甲 5 万元货款，若调解书存在违反法律强制性规定的情形，经过法院审查确认后，可能会以判决书为准进行执行。

法律建议

1. 仔细审查文书效力：在遇到调解未履行的情况时，当事人首先要仔细审查调解书和判决书的有效性，看是否存在上述可能导致文书效力发生变化的情形。如果自己无法准确判断，可以寻求专业律师的帮助。
2. 及时申请执行：如果确定调解书有效且对方未履行，当事人应及时向法院申请执行，避免超过申请执行的时效期间。一般来说，申请执行的期间为二年，从调解书规定履行期间的最后一日起计算。
3. 保留相关证据：在整个过程中，当事人要注意保留与纠纷相关的各种证据，如合同、往来函件、调解过程中的记录等，以便在申请执行或者处理可能出现的其他法律问题时能够提供有力的支持。

如果你在实际情况中遇到了类似问题，或者还有其他疑问，都可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你详细解答。