在农业行政处罚中，关于“违法所得”的计算，主要依据《中华人民共和国行政处罚法》以及农业领域相关行政法规、规章中的具体规定来确定。具体分析如下：

1. 《中华人民共和国行政处罚法》的基础性规定
   根据《行政处罚法》第二十八条第二款：“当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。”
   该条款明确了“违法所得”的基本定义（实施违法行为取得的款项），并授权法律、行政法规、部门规章可对计算方式作出细化规定。因此，农业行政处罚中违法所得的计算需优先适用农业领域的专门规定。

2. 农业领域具体规定的适用
   在农业行政执法中，违法所得的计算通常依据以下文件：

   • 《农业行政处罚程序规定》（农业农村部令2020年第5号）：
     该规定第五十一条明确：“违法所得是指实施违法行为所取得的款项，包括成本和利润。”但需注意，若其他农业专项法规对违法所得计算有更具体规定（如种子、农药、兽药等领域），则优先适用专项规定。
     
   • 农业专项法规中的细化规则：
     例如《农药管理条例》第五十六条、《种子法》第八十条等条款，可能针对特定违法行为（如生产销售假农药、劣种子）明确违法所得的计算方式（如按销售金额、货值金额等计算）。此时需结合具体案情和专项法规综合判断。

3. 计算原则的补充说明

   • “成本是否扣除”的争议：
     根据《行政处罚法》及农业领域普遍实践，违法所得一般指“全部收入”（含成本），但若专项法规明确排除成本（如按“利润”计算），则从其规定。例如，原《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》曾规定“成本不计入违法所得”，但该办法已废止，目前农业领域更倾向“全部收入”标准。
     
   • “退赔优先”原则：
     若当事人已向消费者退赔款项，退赔部分可从违法所得中扣除（《行政处罚法》第二十八条第二款）。

总结建议：
农业行政处罚中违法所得的计算需分两步：

1. 优先查找具体农业法规（如《种子法》《农药管理条例》）是否对涉案违法行为有专门规定；
   
2. 若无专门规定，则适用《农业行政处罚程序规定》第五十一条的“全部收入”标准，同时考虑退赔扣除情形。
   

若您遇到具体案件需计算违法所得，可提供违法行为类型（如生产销售假种子、无证经营农药等），我将进一步结合法规和实务经验为您分析计算方法。