销售过期农药的违法所得计算方式为：销售收入减去合理支出。具体分析如下：
一. 违法所得的确定与计算
以实际销售情况计算：
- 销售收入：应包括所有因销售过期农药而产生的收入，无论这些收入是通过何种销售渠道（如实体店销售、网络销售等）获得的。
- 合理支出扣除：在计算违法所得时，可以扣除与销售该过期农药直接相关的必要费用，如进货成本、运输费用和包装费用等。但需要注意的是，企业管理费用、职工工资等非直接相关费用是不予扣除的。
- 计算公式：
违法所得 = 销售收入 - 合理支出。例如，如果销售过期农药的总收入为10万元，直接相关的进货成本等合理支出为6万元，那么违法所得就是4万元。
难以准确核算时的处理：
- 如果销售者的账目混乱或者无法提供有效证据来准确计算违法所得，执法机关将依据相关法律法规和实际情况，采取合理的方式来估算违法所得。这可能包括参考同行业类似产品的销售价格和利润水平，或者结合经营规模、销售时间等因素进行综合判断。
二. 法律后果
销售过期农药不仅涉及违法所得的计算，还伴随着一系列严厉的法律后果，包括但不限于：
- 责令停止销售；
- 没收违法销售的农药；
- 罚款（通常是违法销售产品货值金额的一定倍数）；
- 没收违法所得；
- 情节严重的，还可能面临吊销营业执照乃至追究刑事责任的后果。
我建议销售者应严格遵守相关法律法规，确保所销售的农药在保质期内，并建立完善的财务管理制度，以便在必要时能够准确计算违法所得，减轻法律风险。同时，也提醒广大农民朋友在购买农药时要仔细查看生产日期和保质期，避免购买和使用过期农药，以保护自己的合法权益和农业生产的安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。