在行政处罚中，若违法行为在发现时已结束，违法所得的起算时间通常与违法行为的完成或停止时间相关联，一般从违法行为发生之日（即违法行为完成或停止之日）起计算。以下是对此问题的详细分析：

一、一般原则

1. 违法行为发生之日：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚的追究期限通常从“违法行为发生之日”起计算。这里的“违法行为发生之日”，一般指的是违法行为完成或停止的具体日期。例如，商家最后一次销售假冒伪劣产品的日期，即视为该违法行为的发生之日。若违法行为在二年内未被主管行政机关或其他有权处罚机关发现，则不再给予行政处罚，除非法律另有特别规定。

2. 违法所得的计算：违法所得通常指的是违法行为人通过违法行为所获得的利益。在违法行为已结束的情况下，违法所得的起算时间自然与违法行为的完成或停止时间相一致。即，从违法行为人最后一次实施违法行为并获得利益之日起计算违法所得。

二、特殊情况

1. 连续或继续状态的违法行为：

   • 连续状态：当行为人基于同一个违法故意，连续实施多个独立的同一种类行政违法行为时，追究期限从最后一个违法行为终了之日起计算。此时，违法所得的起算时间也应相应顺延至最后一个违法行为终了之日。
   • 继续状态：指一个违法行为在时间上的不间断延续，如非法占用公共道路搭建摊位经营。其追究期限从违法行为终止，即拆除摊位的日期起算。同样，违法所得的起算时间也应以违法行为终止之日为准。

2. 涉及公民生命健康安全、金融安全等领域的违法行为：对于这些领域的违法行为，若存在危害后果，其追究期限可能会延长至五年。在此情况下，违法所得的起算时间也相应延长，但同样以违法行为的完成或停止之日为基准。

三、实际操作中的注意事项

1. 准确认定违法行为发生之日：在行政处罚实践中，准确认定违法行为发生之日是计算违法所得起算时间的关键。这要求行政机关在调查取证过程中，必须全面、客观地收集证据，以确定违法行为的起始和终止时间。

2. 考虑违法所得的连续性和累积性：在某些情况下，违法行为人可能通过多次实施违法行为来累积违法所得。此时，行政机关在计算违法所得时，应考虑其连续性和累积性，确保处罚的公正性和合理性。

3. 遵循法律另有规定的原则：虽然一般情况下违法所得的起算时间与违法行为发生之日相一致，但法律另有规定的除外。因此，在行政处罚实践中，行政机关应严格遵循相关法律法规的规定，确保处罚的合法性和有效性。

总结来看，在行政处罚中，若违法行为在发现时已结束，违法所得的起算时间通常从违法行为发生之日（即违法行为完成或停止之日）起计算。但需注意特殊情况下的连续或继续状态违法行为以及涉及公民生命健康安全、金融安全等领域的违法行为可能存在的特殊规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。