附加协议在主协议未注明的情况下，依然有可能是有效的，但具体效力需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、附加协议的效力基础
附加协议，通常被视为对主协议的补充或修改。其效力并不完全依赖于主协议是否明确注明存在附加协议。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。只要附加协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么它就是有效的。
二、附加协议有效的情形
双方明确同意：如果双方当事人在签订附加协议时，都明确表示同意该附加协议的内容，并且该附加协议的内容不违反法律法规的强制性规定，那么该附加协议就是有效的。这种情况下，即使主协议中没有注明有附加协议，也不影响附加协议的效力。
实际履行行为：如果双方当事人在实际履行过程中，已经按照附加协议的内容进行了操作，并且这种操作是持续性的、一贯性的，那么也可以视为双方对附加协议的认可，从而认定附加协议有效。
三、附加协议可能无效的情形
违反法律法规：如果附加协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该附加协议就是无效的。例如，附加协议中约定了非法的内容，或者违反了国家强制性标准等。
未经双方同意：如果附加协议是单方面制定的，没有经过另一方的明确同意，或者另一方在签订附加协议时存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，那么该附加协议可能是无效的。
四、建议与措施
审查附加协议内容：在签订附加协议前，务必仔细审查其内容，确保不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，并且是双方真实意思的表示。
明确约定在主协议中：为了避免后续纠纷，建议在主协议中明确约定附加协议的存在、效力以及签订、履行等相关事宜。这样可以在一定程度上减少因附加协议效力问题而引发的争议。
保留相关证据：在签订和履行附加协议过程中，务必保留好相关证据，如书面协议、电子邮件、聊天记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中，将起到至关重要的作用。
总结来说，附加协议在主协议未注明的情况下，依然有可能是有效的。但为了确保其效力，建议在签订附加协议时，务必遵循法律法规的规定，确保双方真实意思的表示，并明确约定在主协议中或保留好相关证据。如果你在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。