农商银行二次扣款是否算逾期，需分情况讨论：

1. 若二次扣款是因首次扣款失败且在还款日当天或宽限期内完成
   若因账户余额不足、系统故障等原因导致首次扣款失败，银行在还款日当天或合同约定的宽限期内发起二次扣款并成功划扣，此时还款行为仍属于按时履行，不构成逾期。但需注意：

   • 需保留银行扣款记录（如短信通知、账户流水），证明款项在宽限期内到账；
     
   • 若合同明确约定“仅扣款一次”，银行二次扣款可能涉及违约，但用户仍需履行还款义务，逾期风险需结合具体条款判断。

2. 若二次扣款发生在还款日之后且无宽限期约定
   若银行在还款日之后发起二次扣款（无论是否成功），均可能被认定为逾期还款。此时：

   • 逾期成立：即使二次扣款成功，因还款时间已超过合同约定期限，银行可能按逾期利率计收罚息，并可能将逾期记录上报征信系统；
     
   • 例外情形：若用户能证明二次扣款是因银行系统错误导致（如银行未在还款日扣款却后续主张逾期），可依据《民法典》第577条（违约责任）要求银行修正记录，但需提供充分证据（如银行系统故障公告、扣款指令记录）。

3. 若二次扣款涉及“自动续期”或“分期调整”等特殊约定
   部分贷款合同可能约定“还款失败后自动触发二次扣款”或“允许分期调整还款计划”，此时需以合同条款为准：

   • 若合同明确授权银行在特定条件下二次扣款，且用户未提出异议，不构成逾期；
     
   • 若用户未签署相关条款或银行未尽到提示义务（如未以显著方式告知二次扣款规则），可依据《民法典》第496条（格式条款无效）主张条款不生效，但需通过法律程序确认。

建议行动：

• 立即核对贷款合同中关于“还款方式”“宽限期”“逾期定义”的条款；
  
• 保留所有扣款记录、银行通知及沟通记录；
  
• 若已产生逾期记录，可先与银行协商修正，协商不成可向当地银保监会投诉或通过诉讼主张权利。
  

如有进一步细节（如合同条款内容、扣款时间线等），可随时补充说明，我会为您具体分析。