针对违法发包既成事实的整改，核心结论是需通过法律程序纠正违法行为，并从合同效力、责任划分、后续合规三个层面进行系统性整改。具体分析如下：

1. 法律程序纠正：确认合同无效或解除

根据《民法典》第791条及《建筑法》第28条，违法发包（如未取得资质、超越资质等级、肢解发包等）可能导致发包合同无效。整改第一步需通过司法或仲裁程序确认合同无效，或协商解除合同。

• 操作要点：
  
  • 收集证据：证明发包行为违法（如无资质证书、未履行招标程序等）；
    
  • 提起诉讼/仲裁：以“违法发包”为由主张合同无效，要求返还财产或赔偿损失；
    
  • 协商解除：若双方同意，可签订解除协议并明确责任分担。
    
• 风险提示：合同无效后，已完工部分可能按“折价补偿”原则处理，需提前评估工程价值及损失。

2. 责任划分与赔偿：明确各方义务

违法发包可能涉及发包方、承包方、实际施工人等多方责任，需根据过错程度划分责任：

• 发包方责任：
  
  • 承担行政处罚（如罚款、停业整顿）；
    
  • 对承包方或第三方损失承担赔偿责任（如工期延误、质量缺陷）；
    
  • 若存在恶意串通，可能面临更严厉处罚。
    
• 承包方责任：
  
  • 若明知违法仍承接工程，需承担部分过错责任；
    
  • 实际施工人可依据《建工解释》第43条直接向发包方主张权利。
    
• 操作建议：
  
  • 委托第三方审计机构评估损失；
    
  • 通过调解或诉讼明确责任比例，避免后续纠纷。

3. 后续合规整改：重建合法发包流程

为避免再次违法，需从以下方面完善流程：

• 资质审查：确保承包方具备相应资质，可通过“四库一平台”查询；
  
• 招标程序：依法履行招标、投标、开标、评标、中标程序；
  
• 合同备案：签订书面合同并备案，明确工期、质量、价款等条款；
  
• 过程监管：建立工程监理制度，定期检查施工进度及质量。
  
• 示例：某项目因未招标被认定违法发包，整改时重新招标并补办施工许可证，最终通过验收。

4. 行政处罚应对：主动配合调查

若已被行政机关查处，需积极配合并采取以下措施：

• 接受处罚：按时缴纳罚款，避免滞纳金或强制执行；
  
• 整改报告：提交书面整改方案，说明纠正措施及完成时间；
  
• 信用修复：处罚记录可能影响企业信用，需按《市场监督管理信用修复管理办法》申请修复。
  

总结：违法发包整改需以法律程序为核心，通过确认合同效力、划分责任、完善合规流程、应对行政处罚四步完成。具体操作需结合案件细节，建议提供发包合同、行政处罚决定书等材料进一步分析。