网约车在交通事故中对方负主责时，停运损失费是可以申请赔付的。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据
根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条第三项规定，依法从事旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。网约车作为依法从事旅客运输的经营性车辆，在发生交通事故后，因维修等原因无法正常运营，必然会产生停运损失，因此该损失应当得到赔偿。
二、赔偿主体与责任划分
侵权人：
- 在对方负主责的情况下，首先应由事故相对方的驾驶人、车主承担赔偿责任。这是基于侵权责任原则，即因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
保险公司：
- 如果对方车辆投保了相关保险（如交强险、商业三者险），保险公司应在保险责任范围内承担赔偿责任。但需注意，保险条款中可能包含对营运损失的免责约定。如果保险合同中没有明确将停运损失列为免责范围，那么超出交强险赔偿限额的部分，应由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以赔偿。
- 交强险：先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿。但交强险对于财产损失的赔偿限额较低（通常为2000元），往往不足以覆盖全部的停运损失。
- 商业三者险：如果肇事车辆还投保了商业第三者责任险，且保险合同中没有明确将停运损失列为免责范围，那么超出交强险赔偿限额的部分，应由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以赔偿。
三、赔偿标准与计算方法
停运时间：
- 停运时间一般参照修理时间确定，但需考虑修理时间的合理性。对于明显不符合经验与常理的修理时间，法院会综合车辆受损程度、受损部位、具体维修情况等因素进行酌定。
计算方式：
- 实际收入减少法：对比停运前后实际收入差额，扣除运营成本后得出净损失。例如，网约车司机在事故发生前一个月的平均日收入为500元，事故导致停运10天，且运营成本（如燃油费、车辆折旧费等）为每天100元，则停运损失为（500元-100元）×10天=4000元。
- 行业平均收入法：参考地区同行业、同类车型的平均收入水平，适用于难以确定具体收入的情况。例如，当地同行业同类车型的平均日收入为400元，停运10天，则停运损失为400元×10天=4000元。
四、赔偿流程与证据要求
确定事故责任：
- 首要任务是确定事故责任，明确对方在事故中的责任比例，以便后续向侵权人及其保险公司主张赔偿。这通常需要通过交警部门出具的事故责任认定书来确认。
提供证据：
- 成功证明营运损失需提供一系列关键材料，包括但不限于网约车的运营资质证明（如网约车平台的注册信息、相关许可证等）、以往的营运收入记录（可从网约车平台获取事故发生前一段时间的收入流水作为参考）、事故期间因停运而导致的实际经济损失凭证（如维修记录或车辆扣押证明等）。
协商与诉讼：
- 在明确损失的计算方式和依据后，双方可尝试协商赔偿事宜。若协商不成，受损方可向法院提起民事诉讼来主张自己的权益。法院会根据具体证据和实际情况进行审理和判决。
五、特殊情况处理
- 对方无保险或逃逸：如果对方没有购买保险或者肇事后逃逸，那么网约车司机的停运损失将由肇事者自行承担。此时，网约车司机可以通过向交警部门报案，由交警部门查找肇事者，并通过法律途径要求其赔偿停运损失。
总结与建议：
网约车在交通事故中对方负主责时，停运损失费是可以申请赔付的。为了确保能够顺利获得赔偿，建议您在事故发生后及时收集相关证据，包括事故责任认定书、运营资质证明、营运收入记录等，并与对方及其保险公司进行协商。如果协商不成，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。