当行政案件中的被处罚人拒绝在处罚告知笔录上签字时，这并不会影响行政处罚程序的法律效力。针对这种情况，执法机关可以采取以下一系列措施来确保程序的合法性和完整性：

一、详细注明拒签情况

执法人员应在处罚告知笔录上详细注明被处罚人拒绝签字的具体时间、地点，以及当时在场见证的人员等相关信息。这一步骤至关重要，因为它能够证明执法人员已经依法履行了告知义务，即使被处罚人拒绝签字，也不影响告知程序的法律效力。

二、利用视听资料记录

为了更直观地证明执法过程，执法人员可以利用执法记录仪等设备对告知过程进行全程录音录像。这样的视听资料在后续可能出现的行政复议或行政诉讼中，将作为有力证据支持执法行为的合法性。

三、邀请无利害关系见证人

执法人员可以邀请与案件无利害关系的第三方作为见证人，全程参与告知过程，并在笔录上签字确认。见证人的存在和签字能够增强告知程序的公正性和可信度，进一步确保程序的合法性。

四、保障被处罚人的陈述申辩权

在作出行政处罚决定之前，执法机关必须明确告知被处罚人拟作出的行政处罚内容及其事实、理由和依据，并告知其享有的陈述、申辩等权利。被处罚人有权进行陈述和申辩，执法机关应当充分听取并复核其意见。如果被处罚人提出的事实、理由或证据成立，执法机关应当予以采纳，并可能据此调整之前的处罚决定。

五、采取其他送达方式

如果被处罚人拒绝签收行政处罚文书，执法人员还可以采取留置送达或公告送达等方式。留置送达是将文书留在被处罚人的住所或与其有关的场所，并通过拍照、录像等方式详细记录送达过程。公告送达则是在通过直接送达、留置送达等方式确实无法送达的情况下，通过发出公告的方式送达，自发出公告之日起，经过六十日即视为送达。

六、告知救济途径

无论被处罚人是否签收行政处罚文书，都不影响行政处罚决定的生效和执行。但执法机关应告知被处罚人，如果其对行政处罚有异议，有权在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，当被处罚人拒绝在处罚告知笔录上签字时，执法机关应依法采取多种措施确保程序的合法性和完整性，同时充分保障被处罚人的陈述申辩权和救济途径。这样不仅能够维护法律的权威和公正，也能够确保被处罚人的合法权益得到充分保障。