员工出轨，公司采取停薪留职的措施一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
从劳动合同法的角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。同时，用人单位解除劳动合同需要有法定的事由，如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等。而出轨行为，通常并不直接构成用人单位可以解除劳动合同或采取停薪留职措施的法定理由。
- 案例说明：假设某公司员工小李因个人感情问题出轨，公司得知后，未经小李同意，擅自决定对其停薪留职。小李认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，于是向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会经审理认为，公司未能提供充分证据证明小李的出轨行为严重违反了公司的规章制度或给公司造成了重大损害，因此公司停薪留职的决定缺乏法律依据，裁决公司恢复小李的工资待遇并补发停薪期间的工资。
从公司规章制度的角度
虽然公司可以制定规章制度来规范员工的行为，但这些规章制度必须合法、合理，并且经过民主程序制定，向劳动者公示。如果公司规章制度中明确规定了出轨行为属于严重违反规章制度的行为，并可以采取停薪留职等措施，那么公司需要确保该规章制度的制定程序合法，且内容不违反法律法规的强制性规定。
- 实际操作建议：即使公司规章制度中有相关规定，公司在处理员工出轨问题时，也应当谨慎行事。首先，要确保有充分的证据证明员工确实存在出轨行为；其次，要评估该行为是否确实对公司造成了重大影响或损害；最后，在采取措施前，最好与员工进行沟通，听取其意见和解释，避免引发不必要的劳动争议。
从员工权益保护的角度
员工享有劳动报酬权、休息休假权等合法权益。公司未经员工同意，擅自停薪留职，可能侵犯了员工的劳动报酬权。员工有权要求公司按照劳动合同的约定支付工资，并有权就公司的违法行为向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 法律后果：如果公司被认定存在违法行为，可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。同时，公司的声誉和形象也可能受到损害，影响公司的长期发展。
总结与建议：
- 公司角度：公司在处理员工出轨问题时，应当遵循法律法规的规定，确保处理措施的合法性和合理性。如果公司认为员工的出轨行为严重违反了公司的规章制度或给公司造成了重大损害，应当收集充分证据，并按照法定程序进行处理。
- 员工角度：如果员工遭遇公司未经同意擅自停薪留职的情况，应当及时与公司沟通，了解原因和依据。如果认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
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