此事件涉及刑事、民事及行政多方面的法律责任，具体处理方式如下：
刑事责任层面：
- 非法营运与超员驾驶的刑事责任：司机若存在非法营运行为（如未取得营运资质而从事客运活动），且在驾驶过程中严重超员（根据《刑法》第一百三十三条之一，从事校车业务或者旅客运输，严重超过额定乘员载客的构成危险驾驶罪），虽司机已死亡无法追究其刑事责任，但司法机关仍会对其非法营运及超员驾驶的违法事实进行调查确认，作为后续民事赔偿及行政处罚的依据。
- 交通事故责任的认定：需由交警部门出具《交通事故责任认定书》，明确司机在事故中的责任比例（如是否因超员、违规驾驶等导致事故发生）。若司机负主要或全部责任，其遗产可能需在继承范围内承担民事赔偿责任。
民事赔偿层面：
- 赔偿主体与范围：根据《民法典》第一千一百八十一条，被侵权人死亡的，其近亲属有权请求侵权人承担侵权责任。因司机已死亡，赔偿主体为其遗产继承人（如配偶、子女、父母），赔偿范围包括死亡赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费、医疗费（针对伤者）等。
- 保险公司理赔：若车辆投保了交强险及商业三者险，保险公司需在保险限额内赔偿。但非法营运可能构成保险免责事由，保险公司可能拒赔或部分拒赔，需结合保险合同条款及司法实践判断。
- 其他责任方：若存在其他过错方（如车辆所有人明知司机非法营运仍提供车辆），可追究其连带责任。
行政处罚层面：
- 对司机遗产的行政处罚：虽司机已死亡，但行政机关仍可对其非法营运行为作出行政处罚（如罚款、没收违法所得），但处罚决定书需送达其继承人，且执行以遗产为限。
- 对相关企业的处罚：若司机受雇于某企业或平台，且企业存在管理疏漏（如未审核司机资质、纵容超员等），行政机关可对企业进行处罚（如罚款、停业整顿）。
后续处理建议：
- 死者家属与伤者：应尽快委托律师介入，收集证据（如事故认定书、医疗记录、保险合同等），向司机继承人及保险公司主张赔偿。若继承人拒绝赔偿或遗产不足，可申请法院强制执行。
- 社会救助与心理干预：此类重大事故可能引发社会关注，当地政府或慈善机构可能提供救助或心理干预服务，家属可主动联系申请。
总结：此事件需通过刑事调查确认责任，通过民事诉讼主张赔偿，通过行政处罚规范市场秩序。建议家属及伤者尽快委托律师，全面维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。