人防工程商铺使用权转让50年一般不合法，具体分析如下：

1. 法律依据与期限限制
   根据《中华人民共和国民法典》第七百零五条，租赁期限不得超过二十年；超过二十年的，超过部分无效。人防工程商铺使用权转让本质属于租赁合同关系，因此即使合同约定50年期限，超出20年的部分在法律上无效，实际有效期限仅20年。

2. 人防工程特殊性
   人防工程属于国防资产，所有权归国家，投资者仅享有使用权。根据《人民防空法》第五条，人防工程的使用需符合“战时防空、平时服务民生”的原则。若转让行为违反该原则（如改变工程结构、用途），可能面临行政处罚，合同也可能因违法而无效。

3. 合同效力风险
   即使双方自愿签订50年转让合同，因违反法律强制性规定（租赁期限上限），超出20年的部分自始无效。若发生纠纷，法院会直接认定无效，出让方可能需返还超额收取的费用，并承担缔约过失责任。

4. 实务建议

   • 期限调整：将合同期限改为20年，到期后双方可协商续签（但需注意，续签次数不受法律限制，但每次续签仍需遵守20年上限）。
     
   • 权利性质明确：在合同中明确约定“使用权转让”而非“所有权转让”，避免被认定为买卖合同（人防工程所有权禁止买卖）。
     
   • 合规审查：确保使用方式符合人防工程规划用途（如不得用于易燃易爆物品储存），并办理相关备案手续。

总结：50年转让期限因违反法律强制性规定而部分无效，建议将期限调整为20年，并严格遵守人防工程使用规范。若需进一步审查合同或处理纠纷，可直接向我咨询具体条款设计或维权策略。