结论：农村祠堂在没有经过屋主同意的情况下，一般不能直接被认定为文物。文物的认定需要遵循严格的法律程序和标准，且通常与屋主的同意无直接关系，但认定过程及后续保护措施可能涉及屋主的权益。

分析说明：

1. 文物的认定程序：

   • 文物的认定并非随意进行，而是需要依据相关的法律法规和程序。通常，这涉及到文物部门的调查、评估、鉴定等环节，以确保认定的准确性和权威性。
   • 在这个过程中，屋主的同意并不是文物认定的必要条件。文物部门有权对可能具有历史、艺术、科学价值的建筑物进行调查和评估，无论其是否属于私人所有。

2. 屋主权益的保护：

   • 尽管屋主的同意不是文物认定的必要条件，但文物部门在认定过程中应尊重屋主的合法权益。例如，如果祠堂被认定为文物，屋主可能面临使用限制或需要配合保护措施等。
   • 在这种情况下，屋主有权了解认定的结果和依据，以及可能对其权益产生的影响。如果屋主认为认定过程或结果存在不当之处，可以通过法律途径维护自己的权益。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 在某些特殊情况下，如祠堂具有极高的历史、艺术或科学价值，且面临紧迫的保护需求时，文物部门可能会采取紧急措施进行保护，但这并不意味着可以忽视屋主的权益。
   • 即使在这种情况下，文物部门也应在事后尽快与屋主进行沟通，解释认定的理由和保护措施，并寻求屋主的合作与支持。

法律建议：

• 如果您是祠堂的屋主，且对文物部门的认定结果有异议，您可以首先与文物部门进行沟通，了解认定的依据和理由。
• 如果沟通无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如提起行政诉讼或寻求法律援助等。
• 同时，您也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

后续行动指南：

• 在面对类似情况时，建议您保持冷静，不要采取过激行为。
• 积极与文物部门沟通，了解认定的具体情况和可能的影响。
• 如有需要，及时寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。