核心结论：还款凭证转给员工过去好几年，可能存在凭证丢失、被篡改或员工不承认等风险，需根据具体情况采取不同措施来保障自身权益。以下是具体分析：
一、若凭证已妥善保存且员工无异议
- 情况说明：如果还款凭证虽然转给了员工，但员工一直妥善保存，且现在双方对还款事实均无异议，那么这份凭证仍然可以作为还款的证据。
- 建议措施：
- 与员工沟通，确认凭证的完整性和真实性。
- 可以考虑将凭证复印或扫描留存，以防原件丢失或损坏。
- 如果可能，让员工在凭证上签字确认其收到并认可该还款，进一步增强证据的效力。
二、若凭证丢失或员工不承认还款
- 情况说明：如果还款凭证在员工手中丢失，或者员工现在不承认收到了还款，那么这将给还款方带来法律风险。
- 建议措施：
- 收集其他证据：尝试收集其他能够证明还款事实的证据，如银行转账记录、聊天记录、证人证言等。这些证据可以与还款凭证相互印证，形成完整的证据链。
- 与员工协商：尝试与员工进行协商，看是否能够达成一致意见，并签订书面协议确认还款事实。
- 寻求法律途径：如果协商无果，且其他证据充分，可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，需要向法庭或仲裁机构提交充分的证据来证明还款事实。
三、预防未来风险
- 情况说明：为了避免未来再次出现类似的风险，建议采取一些预防措施。
- 建议措施：
- 完善还款流程：建立规范的还款流程，确保每次还款都有明确的记录和凭证。
- 保留复印件或扫描件：在将还款凭证交给员工之前，先保留一份复印件或扫描件，以防原件丢失或损坏。
- 定期核对：定期与员工核对还款情况，确保双方对还款事实有一致的认知。