结论：公司法人被查会计是否应该离职，不能一概而论，需结合具体情况分析，包括被查原因、个人风险承受能力、职业发展规划以及公司未来走向等多方面因素。以下从不同角度为你详细分析：
一、从法律风险角度分析
若会计本身无违法行为：
- 如果会计在日常工作中严格遵守了相关法律法规和财务制度，没有参与任何违法活动，那么即使公司法人被查，会计本人也不应承担法律责任。此时，离职与否更多取决于个人职业规划和公司未来发展前景。
- 建议：在这种情况下，会计可以评估公司被查后可能对其职业声誉和工作环境产生的影响，再决定是否离职。如果公司能够积极应对调查，且会计认为公司未来仍有发展潜力，那么可以选择留下；反之，如果会计担心公司被查会对其职业声誉造成负面影响，或者认为公司未来前景不明朗，那么可以考虑离职。
若会计存在违法行为：
- 如果会计在工作中存在违法行为，如伪造账目、偷税漏税等，那么一旦公司法人被查，会计很可能面临法律责任。此时，离职并不能完全规避法律风险，因为违法行为已经发生，且可能已被相关部门记录在案。
- 建议：在这种情况下，会计应尽快咨询专业律师，了解自己的法律责任和可能的法律后果，并积极配合相关部门的调查。同时，会计也可以考虑主动离职，以减少在公司被查期间可能面临的进一步法律风险，但离职前应确保已妥善处理与公司的财务关系，避免留下法律隐患。
二、从职业发展规划角度分析
考虑个人职业目标：
- 会计应思考自己的职业目标是什么，是希望在当前公司长期发展，还是希望寻找更好的职业机会。如果公司被查后，会计认为公司未来无法满足其职业发展规划，或者认为公司被查会对其职业声誉造成负面影响，那么可以考虑离职。
- 建议：在做出离职决定前，会计应充分评估自己的职业能力和市场需求，确保离职后能够顺利找到新的工作机会。
考虑公司未来走向：
- 公司法人被查可能对公司未来产生重大影响，包括业务受阻、声誉受损等。会计应关注公司被查后的动态，评估公司未来走向和可能对其职业发展产生的影响。
- 建议：如果会计认为公司能够积极应对调查，且未来仍有发展潜力，那么可以选择留下；反之，如果会计认为公司未来前景不明朗或可能面临严重困境，那么可以考虑离职。
三、从实际操作角度分析
离职流程与注意事项：
- 如果会计决定离职，应按照公司规定的离职流程办理手续，包括提交离职申请、交接工作、结算工资等。同时，会计应确保已妥善处理与公司的财务关系，如归还公司财物、结清借款等。
- 建议：在离职前，会计可以与公司协商离职时间和相关事宜，以确保离职过程顺利进行。同时，会计也可以咨询专业律师或人力资源专家，了解离职过程中可能涉及的法律问题和注意事项。
保留证据与维权：
- 如果会计在离职过程中遇到不公正待遇或违法行为，如公司拖欠工资、未支付经济补偿等，会计应保留相关证据并依法维权。
- 建议：在维权过程中，会计可以咨询专业律师或劳动仲裁机构，了解自己的权益和维权途径。同时，会计也应保持冷静和理性，避免采取过激行为导致法律后果。
总结与进一步思考：公司法人被查会计是否应该离职，需结合具体情况综合分析。在做出决定前，会计应充分评估自己的法律风险、职业发展规划以及公司未来走向等多方面因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。