在诈骗案件中，诈骗犯诈骗九十多万但只承认四十多万，且苦于没有直接证据的情况下，处理方式需从多个角度进行考量：

1. 证据收集与审查：

   • 尽管直接证据可能缺失，但间接证据和旁证同样重要。例如，银行转账记录、聊天记录、证人证言等，都可以作为证明诈骗金额的证据。
   • 审查现有证据，看是否存在可以串联起来形成完整证据链的间接证据，以证明诈骗犯的实际诈骗金额。
   • 若能通过其他证据证明诈骗金额远超四十多万，那么诈骗犯的供述将不足以影响定罪量刑。

2. 法律适用与量刑：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条，诈骗公私财物，数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。若诈骗金额被认定为九十多万，且属于“数额巨大”或“数额特别巨大”的范畴（具体标准可能因地区而异，需参照当地司法解释），则诈骗犯将面临较重的刑罚。
   • 即便诈骗犯只承认四十多万，但法院在判决时会根据证据情况来确定实际诈骗金额，并据此量刑。

3. 辩护策略：

   • 作为辩护律师，可以针对证据的合法性、真实性、关联性进行质证，试图削弱控方证据的证明力。
   • 同时，可以积极寻找有利于被告人的证据，如证明被告人有自首、立功、退赃退赔等情节，以争取从轻或减轻处罚。
   • 若诈骗犯确实存在只承认部分诈骗金额的情况，可以探讨其供述背后的原因，如是否存在对法律后果的误解、是否存在被胁迫或诱供等情形，并据此制定辩护策略。

4. 实际建议：

   • 对于诈骗犯而言，如实供述自己的罪行是争取从宽处理的重要途径。若其确实诈骗了九十多万，但只承认四十多万，这可能会对其量刑产生不利影响。
   • 建议诈骗犯及其家属积极配合律师的工作，提供所有可能的证据和信息，以便律师能够更全面地了解案情，制定更有效的辩护策略。
   • 同时，也可以考虑与被害人进行协商，看是否能够达成和解或退赃退赔协议，以争取被害人的谅解和法院的从宽处理。

在处理此类案件时，务必保持严谨和专业的态度。作为律师，我会根据具体案情和证据情况，为被告人制定最合适的辩护策略，并尽力争取最有利的法律结果。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。