结论：别的公司从你公司走账而你公司扣留款项的行为是否违法，需根据具体情况判断，但通常这种行为可能涉及违法风险，不建议采取。

分析：

1. 合同关系与资金流转：

   • 首先，需要明确的是，公司之间的资金流转通常应基于明确的合同关系或业务往来。如果别的公司通过你公司走账，这本身可能就存在不规范之处，除非双方有明确的协议或合同约定。
   • 在没有合法依据的情况下，扣留或拒绝支付款项可能构成违约或不当得利，从而引发法律纠纷。

2. 违法风险：

   • 挪用资金罪：如果你公司扣留款项并非出于合法目的，而是擅自挪用，且数额较大，可能构成挪用资金罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。虽然此条款直接针对的是公司工作人员，但公司本身如果涉及非法挪用资金，相关责任人也可能承担法律责任。
   • 侵占罪：如果你公司以非法占有为目的，将别的公司通过你公司走账的款项据为己有，数额较大且拒不退还，可能构成侵占罪。侵占罪是指以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。
   • 税务风险：此外，这种走账行为还可能涉及税务问题。如果款项流转未按照税法规定进行申报和纳税，可能构成偷税漏税行为，面临税务机关的处罚。

3. 建议与措施：

   • 审查合同与协议：首先，应审查双方之间是否存在关于资金流转的合法合同或协议。如果存在，应严格按照合同或协议执行。
   • 沟通协商：如果别的公司通过你公司走账存在不规范之处，建议双方进行沟通协商，明确资金流转的目的、方式和期限等，以避免法律纠纷。
   • 寻求法律帮助：如果双方无法达成一致意见，或者你公司对扣留款项的合法性存在疑虑，建议寻求专业律师的法律帮助，以评估法律风险并制定相应的应对策略。

后续行动建议：

• 如果你公司已经扣留了款项，并且担心可能涉及法律风险，建议立即停止这种行为，并与别的公司进行沟通协商，寻求妥善解决方案。
• 如果你公司认为扣留款项是出于合法目的（如对方违约等），建议收集相关证据并咨询专业律师，以评估你的主张是否合法以及可能面临的法律风险。

总结：别的公司从你公司走账而你公司扣留款项的行为可能涉及违法风险，建议根据具体情况采取合法合规的措施进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。