结论： “如本协议部分条款被认定无效，不影响其他条款的效力”这句话并不矛盾，它符合合同法的相关规定和法律原则。
法律背景与解释
合同条款的独立性原则：
- 合同是一个整体，但其内部条款往往具有相对的独立性。这意味着，合同中的各个条款在内容和功能上可能相互独立，一个条款的无效并不必然导致其他条款也无效。
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条：“民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。”这一原则为合同部分条款无效时的效力判定提供了明确的法律依据。
无效条款的影响范围：
- 当合同中的某个或部分条款因违反法律、行政法规的强制性规定、违背公序良俗或其他原因而被认定为无效时，这些无效条款本身不具有法律效力。
- 然而，如果这些无效条款与合同的其他部分相对独立，不影响其他条款的履行逻辑和合同目的的实现，那么其他部分依然有效并应继续履行。
争议解决条款的独立性：
- 特别值得注意的是，即使合同部分或全部无效，其中关于解决争议方法的条款（如仲裁条款、管辖法院约定等）仍然有效。这是因为这些条款通常被视为合同的“救生艇”条款，旨在确保在合同发生争议时，双方有明确的争议解决途径。
实际应用中的情况分析
一般情况：
- 在大多数情况下，合同中的部分条款无效并不会影响其他条款的效力。例如，在一份买卖合同中，如果关于交货时间的条款因某种原因被认定无效，但其他关于货物质量、价格、付款方式等条款仍然有效，那么双方应继续履行这些有效条款。
特殊情况：
- 然而，也存在一些特殊情况，可能导致整个合同无效。例如，如果无效条款是合同的核心内容，如当事人信息、标的物等关键要素，且这些要素的无效导致合同目的无法实现或履行基础受到根本性动摇，那么整个合同可能因此无效。
- 另外，如果合同中的部分条款无效是由于合同双方存在欺诈、胁迫等违法行为导致的，且这些行为影响了合同的整体效力，那么整个合同也可能被认定无效。
法律建议
合同审查：
- 在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保所有条款都符合法律法规的规定，不违背公序良俗，且不存在欺诈、胁迫等违法行为。
条款独立性：
- 在设计合同条款时，应尽量保持条款的独立性，避免一个条款的无效影响其他条款的效力。例如，可以通过明确约定“本合同部分条款无效不影响其他条款的效力”来增强条款的独立性。
争议解决：
- 双方应在合同中明确约定争议解决方式，如仲裁或诉讼，并选择合适的仲裁机构或管辖法院。这样，在合同发生争议时，双方可以迅速、有效地解决争议，避免不必要的法律纠纷。
及时咨询：
- 如果在合同履行过程中发现部分条款无效或存在争议，双方应及时咨询法律专业人士，以便进行专业的法律分析和风险评估，从而更好地维护自身的合法权益。
综上所述，“如本协议部分条款被认定无效，不影响其他条款的效力”这句话并不矛盾，它符合合同法的相关规定和法律原则。在处理合同纠纷时，双方应充分考虑合同条款的独立性、无效条款的影响范围以及争议解决条款的独立性等因素，以便做出正确的决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。