关于作废的体系文件是否需要销毁的问题，这主要取决于文件的性质、内容以及组织内部的管理规定和相关法律法规的要求。以下是一些详细的解答和建议：
一、文件性质与内容
普通文件：如果作废的体系文件不包含敏感信息、商业秘密或国家秘密，且组织内部没有特定的销毁要求，那么这些文件可以选择保留一段时间（如作为历史参考），或者按照组织内部的文件管理流程进行常规处理，如归档或废弃。但需注意，保留作废文件时应确保它们不会与现行有效文件混淆，以免造成管理上的混乱。
敏感或机密文件：如果作废的体系文件包含敏感信息、商业秘密或国家秘密，那么必须按照相关法律法规和组织内部的安全管理规定进行严格处理。这类文件通常不能随意丢弃或保留，而应通过安全的方式销毁，以确保信息不被泄露。
二、组织内部管理规定
许多组织都有关于文件销毁的明确规定，这些规定可能涉及销毁的程序、方式、责任人等。在处理作废的体系文件时，应首先查阅并遵守这些规定。如果组织内部没有相关规定，可以参考行业最佳实践或相关法律法规来制定合适的销毁流程。
三、相关法律法规要求
档案法：根据《中华人民共和国档案法》及相关规定，档案的销毁必须严格依照有关规定进行，任何单位和个人不得擅自销毁档案。对于作废的体系文件，如果它们被视为档案的一部分，那么销毁前应进行鉴定，并按照规定的程序进行销毁，如编制销毁清册、获得批准、派员监销等。
国家秘密载体销毁要求：如果作废的体系文件涉及国家秘密，那么销毁过程必须符合国家秘密载体销毁的保密要求。这包括履行清点、登记手续，经主管领导批准，确保内容无法还原，以及采取适当的销毁方式（如粉碎、烧毁或化学腐蚀）等。
四、建议与操作
评估文件价值：在决定是否销毁作废的体系文件前，应评估它们的价值。如果文件对组织的历史、文化或法律责任有重要意义，那么应考虑保留。
制定销毁流程：根据组织内部管理规定和相关法律法规，制定明确的文件销毁流程。这应包括销毁的审批、执行、监销和记录等环节。
选择安全销毁方式：对于需要销毁的文件，应选择安全、可靠的方式，如使用专业的文件销毁服务或设备，确保文件内容无法被恢复。
记录销毁过程：对销毁过程进行详细记录，包括销毁的文件名称、数量、销毁方式、销毁时间、监销人员等信息，以备查验。
综上所述，作废的体系文件是否需要销毁取决于多种因素。在处理这类文件时，应综合考虑文件性质、内容、组织内部管理规定和相关法律法规的要求，制定合适的销毁流程，并确保销毁过程的安全性和合规性。