公司未配合申请停工留薪期时，期限的认定可通过以下两种途径处理：

1. 依据医疗证明文件直接认定
   根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期一般以医疗机构出具的病假建议书或诊断证明为准。若公司未配合申请，劳动者可自行提交以下材料至劳动能力鉴定委员会或社保部门：

   • 医疗机构出具的完整病历、诊断证明、休假建议（需明确休假起止时间）；
     
   • 工伤认定决定书（若已申请工伤认定）；
     
   • 其他辅助材料（如检查报告、用药清单等）。
     劳动能力鉴定委员会将根据医疗材料直接核定停工留薪期，无需公司参与。

2. 通过劳动能力鉴定委员会鉴定
   若医疗机构未明确休假时间，或公司对医疗证明提出异议，劳动者可单独向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请停工留薪期确认。流程如下：

   • 提交书面申请（附工伤认定决定书、医疗证明等材料）；
     
   • 鉴定委员会组织医疗专家进行评审，出具《停工留薪期确认通知书》；
     
   • 鉴定结论具有法律效力，公司必须执行。
     注意：鉴定费用通常由工伤保险基金支付，劳动者无需承担。

实务建议：

• 劳动者应第一时间保存所有医疗证明文件，并要求医疗机构在诊断证明中明确“建议休息X个月”；
  
• 若公司拒不认可期限，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张停工留薪期工资（按原工资福利标准支付）；
  
• 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊的，经鉴定可延长，但延长不得超过12个月。
  

如有具体材料或争议细节，可进一步向我说明，我会结合案例为您分析。