是的，工程项目办理结算时，结算单通常应当由双方都留存。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

在建设工程领域，结算单是双方就工程价款等关键事项达成一致的重要凭证。从法律角度来看，结算单具有合同性质，它明确了双方的权利和义务，特别是关于工程款的支付金额、支付时间等核心条款。因此，为了保障双方的合法权益，避免未来可能出现的纠纷，双方都应当留存结算单。这样，在发生争议时，结算单可以作为有力的证据，帮助双方维护自己的权益。

实践操作层面

1. 避免纠纷：在工程项目结算过程中，由于涉及金额较大、条款复杂，很容易出现理解上的分歧或计算上的错误。如果双方都留存结算单，就可以在发现问题时及时沟通、核对，从而避免不必要的纠纷。

2. 便于管理：对于建设单位和施工单位来说，结算单是项目管理的重要文件之一。留存结算单有助于双方对项目成本、收入等进行准确核算和管理，为未来的项目决策提供参考。

3. 履行义务：结算单中通常会明确工程款的支付时间和方式等条款。双方留存结算单，可以确保双方按照约定履行各自的义务，如建设单位按时支付工程款，施工单位按时交付工程等。

特殊情况处理

虽然结算单应当由双方都留存，但在实际操作中，也可能出现一方未留存或遗失结算单的情况。这时，双方可以通过协商、补充协议等方式来确认结算内容，并重新制作或补签结算单。如果无法达成一致，且争议较大，双方还可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁等。在这种情况下，未留存结算单的一方可能会面临举证困难的风险，因此，尽量确保双方都留存结算单是非常重要的。

建议：

• 在办理工程项目结算时，双方应当认真核对结算单的内容，确保无误后再签字盖章。
• 签字盖章后，双方应当各自留存一份结算单原件，并妥善保管。
• 如果可能的话，双方还可以考虑将结算单进行扫描或拍照留存电子版，以备不时之需。

如果你在工程项目结算过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。