法院对不合法收入的处理方式主要取决于收入的性质及违法情形，核心处理原则是依法追缴、没收或责令退赔，同时可能伴随刑事处罚或行政处罚。 以下是具体处理方式的分情况说明：

1. 刑事案件中的不合法收入：追缴或责令退赔，并可能没收财产
   若不合法收入涉及犯罪（如贪污、受贿、盗窃、诈骗等），法院会根据《刑法》第六十四条的规定，追缴违法所得，即强制将违法收入收归国库；若违法收入已被挥霍或无法追回，法院会责令犯罪人向被害人退赔（如诈骗案件中赔偿被害人损失）。此外，若犯罪情节严重（如经济犯罪、毒品犯罪等），法院还可能根据《刑法》第五十九条，没收犯罪人部分或全部财产。

2. 行政违法中的不合法收入：没收或罚款
   若不合法收入涉及行政违法（如无证经营、偷税漏税、非法集资等），行政机关（如市场监管局、税务局）会先作出行政处罚，法院在行政诉讼或强制执行程序中会确认没收违法所得的合法性。例如，偷税漏税被税务机关处罚后，若当事人拒不缴纳罚款，法院可强制执行没收其违法所得；非法集资案件中，法院会责令退赔集资参与人损失，剩余部分依法没收。

3. 民事纠纷中的不合法收入：返还或折价补偿
   若不合法收入涉及民事纠纷（如合同无效、不当得利等），法院会根据《民法典》第一百五十七条，判决返还财产（如赌博债务因违法无效，赢方需返还输方款项）；若财产无法返还（如已消耗），法院会判决折价补偿（如非法转让的房产被没收后，原所有人可要求受让人赔偿损失）。

4. 特殊情形：涉案财物与合法财产混同
   若不合法收入已与合法财产混同（如用赃款购买房产），法院会区分处理：能分割的（如房产中赃款部分对应的份额）予以追缴；不能分割的（如整体房产）会拍卖后按比例追缴违法所得，剩余部分返还当事人。

温馨提示：不合法收入的处理不仅涉及财产追缴，还可能伴随刑事责任（如有期徒刑、罚金）或行政处罚（如吊销执照、罚款）。若您或他人涉及此类问题，建议尽快整理相关证据（如收入来源证明、交易记录等），并向我详细描述具体情形（如收入性质、是否被调查等），我会进一步分析法律风险及应对方案。