破产程序终结三年后发现债权，债权人仍可依法主张权利，但需根据债权性质和具体情况采取不同处理方式。具体分析如下：

1. 未申报债权的处理
   根据《企业破产法》第56条，若债权人在破产程序期间因客观原因未能申报债权，可在破产财产最后分配前补充申报；但此前已进行的分配，不再对其补充分配。若破产程序已终结超过三年，原则上破产财产已分配完毕，此时需分情况处理：

   • 若破产企业仍有剩余财产：债权人可向法院申请恢复破产程序，要求对剩余财产进行分配。但需证明破产企业存在隐匿、转移财产等违法行为，或破产管理人未依法履行职责导致财产未被处置。
     
   • 若破产企业无剩余财产：债权人可向破产企业的保证人或其他连带债务人追偿。根据《民法典》第687条，一般保证的债权人在破产程序终结后，对债务人依法承担担保责任的保证人可继续主张权利；连带责任保证的债权人则可直接要求保证人承担全部债务。

2. 已申报但未受偿债权的处理
   若债权人在破产程序中已申报债权但未获清偿（如破产财产不足），破产程序终结后，债权人仍可向破产企业的保证人或其他连带债务人追偿。此外，若破产企业股东存在未履行出资义务、抽逃出资等情形，债权人可依据《公司法》及相关司法解释，要求股东在未出资范围内承担赔偿责任。

3. 特殊债权的处理

   • 职工债权和税款债权：根据《企业破产法》第113条，职工债权和税款债权优先于普通债权受偿。若破产程序终结后发现此类债权未被清偿，债权人可向法院申请恢复破产程序，但需以破产企业存在可分配财产为前提。
     
   • 恶意逃废债的处理：若债权人发现破产企业在破产前存在转移财产、虚构债务等恶意逃废债行为，可向法院申请撤销相关行为（如《企业破产法》第31条规定的撤销权），并要求追回财产纳入破产财产分配。

建议行动步骤：

1. 收集证据：整理债权凭证、破产程序相关文件（如债权申报回执、破产裁定书等），以及破产企业财产状况的证据（如财产转移记录、审计报告等）。
   
2. 咨询律师：根据债权性质和证据情况，委托律师分析可行性并制定方案（如申请恢复破产程序、起诉保证人或股东等）。
   
3. 及时主张权利：注意诉讼时效问题，避免因超过时效丧失胜诉权。

如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询。