对于国家工作人员索贿5000元，在被函询调查、初核时主动交代的情况，一般会从轻或减轻处罚，甚至可能免除处罚，但具体处理还需结合其他情节综合判断。以下是详细分析：

1. 索贿行为的定性：

   • 索贿是国家工作人员利用职务上的便利，主动向他人索取财物的行为，这本身就构成了受贿罪的一种严重形式。根据《中华人民共和国刑法》第三百八十五条，受贿罪是指国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物，或者非法收受他人财物，为他人谋取利益的行为。

2. 主动交代的法律效果：

   • 在被函询调查、初核时主动交代索贿事实，属于“自动投案，如实供述自己的罪行”的情形，可以认定为自首。根据《中华人民共和国刑法》第六十七条，对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。

3. 索贿金额的影响：

   • 索贿5000元，虽然金额不大，但已经构成了受贿罪的定罪标准（根据最新的司法解释，受贿数额在3万元以上不满20万元的，应认定为“数额较大”，但索贿等恶劣情节的，数额标准可能有所降低，且5000元虽未达数额较大标准，但索贿行为本身即具有严重社会危害性，仍可能构成犯罪）。不过，由于金额相对较小，且存在自首情节，因此在量刑时会予以充分考虑。

4. 其他可能影响的情节：

   • 除了自首和索贿金额外，法院在量刑时还会考虑其他情节，如索贿的次数、是否为他人谋取利益、是否造成恶劣影响、是否有退赃表现等。这些情节都可能对最终的量刑结果产生影响。

5. 具体处理建议：

   • 鉴于上述情况，建议该国家工作人员积极配合调查，如实供述自己的罪行，并主动退赃，以争取从轻或减轻处罚。同时，也可以考虑寻求专业法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。