核心结论：企业可先与乡镇协商合同变更或解除事宜，同时积极申请成为规上企业，若协商不成可考虑通过法律途径解决，具体如下：
- 合同效力与履行问题
- 从合同层面来看，企业与乡镇签订了建设土地合同，但区里未批准，这涉及到合同的履行障碍。首先要查看合同中对于审批事项以及因审批问题导致合同无法履行的相关约定。如果合同中有明确约定，比如因政府审批原因导致合同不能继续履行时双方的权利义务，那么就按照合同约定来处理。
- 若合同没有相关约定，根据《民法典》的规定，当出现不可抗力或者情势变更等导致合同目的无法实现的情形时，双方可以协商变更或者解除合同。这里区里不批准可以视为一种导致合同履行困难的外部因素，企业可以与乡镇政府协商，看是否能够变更合同内容，例如调整建设规划、延期履行等；如果合同目的确实无法实现，也可以协商解除合同，并就已投入的成本、损失等协商赔偿事宜。
- 区里要求规上企业的问题
- 区里提出要规上企业才批准，这属于地方政策性的要求。企业可以了解当地对于规上企业的具体认定标准，评估自身是否有可能在合理时间内达到该标准。如果企业有潜力成为规上企业，可以积极采取措施，如扩大生产规模、增加投资等，争取尽快达到规上企业标准，以满足区里的审批要求，使合同能够继续履行。
- 如果企业认为自身无法或者没有意愿成为规上企业，那么就需要面对合同可能无法继续履行的情况。此时除了与乡镇协商外，还可以考虑向区里相关部门进一步沟通，了解不批准的具体原因和依据，看是否存在协商的空间或者是否有其他替代方案。
- 法律救济途径
- 如果与乡镇政府的协商无法达成一致，企业可以考虑通过法律途径解决。可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求乡镇政府承担违约责任（如果乡镇政府在合同签订或履行过程中存在过错），或者要求解除合同并赔偿损失。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明合同签订的情况、已履行的部分、因区里不批准导致的损失等。
- 另外，也可以考虑申请仲裁（如果合同中有仲裁条款或者事后达成了仲裁协议），仲裁具有一裁终局等特点，相对诉讼来说可能更加高效。
企业在处理这个问题时，要注意保留好与乡镇签订的合同、与区里沟通的记录、自身投入成本的相关凭证等证据材料，以便在协商或法律程序中维护自己的合法权益。如果还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。