建筑企业破产时，内部承包协议的效力需分情况讨论，其有效性主要取决于协议内容是否合法合规以及企业破产时的具体情形。以下从不同角度为你详细分析：
协议内容合法合规时
若内部承包协议是建筑企业与内部员工（或项目负责人）在平等自愿、协商一致的基础上签订，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定（例如不涉及非法转包、违法分包，不存在恶意串通损害第三方利益等情形），那么该协议原则上具有法律效力。即使建筑企业进入破产程序，内部承包协议也不因企业破产而当然无效，承包人仍有权依据协议主张相关权利（如要求结算工程款、返还保证金等）。但需注意，企业破产时，承包人的权利可能需通过破产程序申报债权来实现，且其债权可能因企业财产不足而无法全额受偿。
协议内容存在违法情形时
若内部承包协议存在以下情形，则可能被认定为无效：
- 非法转包或违法分包：根据《建筑法》及《民法典》相关规定，承包人将工程非法转包或违法分包给无资质的单位或个人，转包/分包协议无效。此时，即使协议名为“内部承包”，若实际符合转包/分包特征（如承包人未实际参与项目管理、以收取管理费为目的等），仍可能被认定为无效。
- 恶意串通损害第三方利益：若协议双方恶意串通，通过内部承包形式逃避债务或损害其他债权人利益，协议可能被撤销或认定无效。
- 违反法律强制性规定：如协议内容涉及赌博、高利贷等违法事项，自然无效。
若协议被认定无效，承包人可能无法依据协议主张权利，但可依据《民法典》关于合同无效的规定，要求返还财产或赔偿损失（如实际投入的成本等）。
企业破产对协议履行的影响
即使内部承包协议有效，建筑企业破产仍可能对协议履行产生重大影响：
- 管理人接管与合同继续履行：根据《企业破产法》，企业进入破产程序后，由管理人接管企业财产和事务。管理人有权决定是否继续履行尚未履行完毕的合同（包括内部承包协议）。若管理人认为继续履行符合债权人整体利益，可能选择继续履行；否则可能解除合同。
- 债权申报与清偿顺序：若协议因企业破产无法继续履行或需解除，承包人需及时向管理人申报债权。内部承包协议下的债权（如工程款、保证金等）通常属于普通债权，在破产财产分配中可能优先于股东权益，但劣后于有财产担保的债权和职工债权等。
- 实际施工人特殊保护：若承包人实际为“实际施工人”（即无资质但实际投入资金、材料和劳动力完成工程建设的主体），根据司法解释，实际施工人可直接向发包人主张工程款（在发包人欠付工程款范围内）。但这一规则主要适用于外部承包关系，内部承包协议下的承包人是否适用需结合具体案情判断。
建议：若你或你所在的企业涉及此类问题，建议尽快整理内部承包协议、工程款结算凭证、企业破产相关公告等材料，并详细说明协议履行情况（如是否完工、是否结算、企业破产时的债务状况等），以便更精准地分析法律风险及应对策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询。