当非机动车在交通事故中被认定为主要责任方，而机动车为次要责任方时，关于机动车的修理费用支付问题，可以依据以下步骤和原则来处理：
一、明确赔偿责任划分
主次责任赔偿原则：
- 根据事故责任认定书，非机动车主责通常意味着需承担70%-90%的赔偿责任，具体比例由交警部门根据事故情况确定。
- 机动车次责则承担剩余比例的赔偿责任。
保险赔付机制：
- 机动车的交强险在责任限额内会先行赔付非机动车的损失，同时，如果机动车投保了车损险等商业保险，也可以用于赔付机动车自身的修理费用。
- 非机动车若投保了相关商业保险（如意外险等），也可同步申请理赔，但通常非机动车保险不直接赔付机动车的修理费。
二、机动车修理费用的支付方式
非机动车方直接支付：
- 非机动车方根据责任比例，直接向机动车车主支付修理费用。例如，如果机动车修理费为3万元，非机动车主责承担80%，则需支付2.4万元。
通过保险公司代位追偿（如机动车投保了车损险）：
- 机动车车主向自己的保险公司报案，并提供事故详情及责任认定书。
- 保险公司评估机动车损坏情况，确定修理费用。
- 机动车车主提交索赔材料，如责任认定书、定损单、维修发票等。
- 保险公司先行支付修理费用给机动车车主，随后向非机动车方追偿其应承担的部分。
协商分期支付：
- 如果非机动车方一次性支付有困难，双方可以协商分期支付方案，并签订书面协议明确支付时间和金额。
法律途径解决：
- 如果非机动车方拒绝赔付或协商无果，机动车车主可以通过发送催款律师函或向人民法院提起诉讼来维护自己的权益。
- 法院审理后作出判决，非机动车方需按判决支付修理费用。如不履行，机动车车主可申请强制执行。
三、注意事项
保留证据材料：
- 机动车车主应妥善保管事故现场照片、责任认定书、修理费用清单和发票等关键证据，以便后续索赔或诉讼使用。
及时报案处理：
- 事故发生后应立即报警并通知保险公司，确保事故得到及时处理和责任认定。
了解法律法规：
- 双方都应了解相关法律法规，明确自己的权利和义务，避免因不了解法律而导致权益受损。
积极协商解决：
- 在赔偿过程中，双方应保持冷静和理性，积极协商解决纠纷，避免采取过激行为或扩大矛盾。
综上所述，当非机动车在交通事故中被认定为主要责任方时，机动车的修理费用支付问题可以通过直接支付、保险公司代位追偿、协商分期支付或法律途径解决等方式来处理。机动车车主应根据实际情况选择合适的方式维护自己的权益，并保留好相关证据材料。