公司三方协议代收款在符合法定条件的前提下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、协议主体的合法性
首先，参与公司三方协议代收款的三方主体——付款方、收款方和代收方（公司），都必须具备相应的民事行为能力。这意味着它们应当是依法注册成立并正常经营的企业或组织，能够独立承担民事责任，理解并履行协议中约定的权利和义务。如果任何一方主体不具备民事行为能力，或者主体资格存在瑕疵，都可能影响协议的合法性。
二、意思表示的真实性
三方在签订协议时的意思表示必须真实、自愿，不存在任何欺诈、胁迫或重大误解等导致意思表示不真实的情形。这是确保协议内容反映各方真实意愿的关键所在。例如，如果代收方是在被胁迫的情况下签订协议，那么该协议可能因意思表示不真实而被认定为无效。
三、协议内容的合法合规性
协议的内容必须严格遵守国家法律法规的强制性规定，不得违反公序良俗原则。具体来说，代收款的目的不能是为了掩盖非法交易，如洗钱、行贿受贿等违法活动；也不能违反税收法规等规定，如帮助一方逃避纳税义务。此外，协议中应明确各方的权利、义务和责任，包括但不限于代收款的金额、方式、时间、收款账户信息以及违约责任等关键条款。如果协议内容存在违法或模糊不清的情况，都可能影响协议的合法性和有效性。
四、协议形式的合法性
虽然多数公司三方协议代收款没有特殊的形式要求，但为了避免日后产生纠纷时举证困难，一般建议采用书面形式，并由三方签字盖章确认。如果法律法规对这类协议有特定的形式要求，如需要经过公证等，那么协议还必须符合这些要求才能有效。
五、实际操作中的注意事项
六、法律后果
如果公司三方协议代收款违反了上述法定条件，那么该协议可能被认定为无效。无效的协议自始没有法律约束力，各方应恢复原状，并可能因违约或违法行为而承担相应的法律责任。例如，如果代收款被用于非法活动，代收方可能面临刑事处罚；如果协议内容存在违法或模糊不清的情况，导致纠纷无法解决，各方可能因诉讼而承担额外的经济和时间成本。
总结与建议：公司三方协议代收款在符合法定条件的前提下是合法的。为了确保协议的合法性和有效性，各方在签订协议前应仔细审查协议内容，确保协议主体合法、意思表示真实、内容合法合规、形式合法。如果在实际操作中遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。