摩托车转让协议应当与摩托车的合法所有权人签订。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 所有权人确定：

   • 在签订摩托车转让协议前，首先要确认摩托车的所有权人。这通常可以通过查看摩托车的行驶证、购车发票或相关产权证明文件来确定。只有摩托车的合法所有权人才有权进行转让，否则转让协议可能因主体不适格而无效。

2. 协议签订对象：

   • 确认所有权人后，转让协议应当直接与所有权人签订。如果摩托车存在多个共有人（如夫妻共同财产），则需要所有共有人共同签署转让协议，或者取得其他共有人的书面同意，以确保转让的合法性和有效性。

3. 特殊情况处理：

   • 如果摩托车所有权人因故无法亲自签署转让协议（如因病、出差等），可以委托他人代为签署。但此时需要提供有效的授权委托书，并明确代理人的权限和范围。
   • 另外，如果摩托车是通过继承、赠与等方式获得所有权的，也需要确保相关手续已经办理完毕，且转让协议符合相关法律法规的规定。

4. 法律后果提示：

   • 如果与非所有权人签订转让协议，或者转让协议存在其他违法情形（如欺诈、胁迫等），可能导致转让协议无效或被撤销。这不仅会影响转让双方的权益，还可能引发法律纠纷和赔偿责任。

5. 建议与注意事项：

   • 在签订摩托车转让协议前，建议双方进行充分的沟通和协商，明确各自的权利和义务。
   • 转让协议应当详细列明摩托车的品牌、型号、车架号、发动机号等关键信息，以及转让价格、支付方式、交付时间等条款。
   • 双方应当确保转让协议的签署是自愿、真实、合法的，并保留好相关证据（如转账记录、收据等）以备不时之需。

在签订摩托车转让协议时，请务必谨慎对待，确保与合法所有权人签订协议，并遵循相关法律法规的规定。如果你在签订过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。