欠款过诉讼时效后双方达成补偿协议是合法的，且该协议受到法律保护。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据
根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第二十二条：“诉讼时效期间届满，当事人一方向对方当事人作出同意履行义务的意思表示或者自愿履行义务后，又以诉讼时效期间届满为由进行抗辩的，人民法院不予支持。”这一规定明确指出了，即便债权过了诉讼时效，债务人如果自愿与债权人达成补偿（还款）协议，那么该协议是有效的，债务人不能以诉讼时效已过为由进行抗辩。
协议有效的条件
意思表示真实：补偿协议必须是双方真实意思的表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。例如，如果债务人是在被威胁或欺骗的情况下签订的协议，那么该协议可能会被法院认定为无效或可撤销。
协议内容合法：补偿协议的内容必须合法，不能违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。比如，协议中约定的补偿金额、方式、期限等条款，都应当是合理且合法的。
协议有效的法律后果
一旦补偿协议被认定为有效，那么双方就必须按照协议的约定履行各自的义务。如果债务人拒绝履行，债权人可以依据协议向法院提起诉讼，要求债务人履行补偿义务。
特殊情况说明
虽然过了诉讼时效后双方达成的补偿协议原则上有效，但也存在一些特殊情况可能导致协议无效或可撤销。比如，如果协议是在债务人无民事行为能力或限制民事行为能力的情况下签订的，或者协议内容存在重大误解、显失公平等情形，那么该协议可能会被法院认定为无效或可撤销。
实际操作建议
签订书面协议：为了确保补偿协议的有效性，建议双方签订书面协议，并明确约定补偿金额、方式、期限等关键条款。
保留相关证据：在签订协议的过程中，双方应当保留好相关证据，如聊天记录、转账记录等，以备不时之需。
咨询专业意见：如果你对补偿协议的签订或履行存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，欠款过诉讼时效后双方达成补偿协议是合法的，但双方在签订协议时应当确保意思表示真实、协议内容合法，并保留好相关证据。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。