在确定劳动关系纠纷案件的二审中，一个法官进行裁判的程序是否合法，需根据具体情况来判断，但通常情况下，二审程序应由合议庭进行审理，而非单一法官独任审判。以下是对此问题的详细分析：

1. 二审程序的一般规定：

   • 根据我国《民事诉讼法》的相关规定，第二审人民法院对上诉案件，应当组成合议庭，开庭审理。合议庭由审判员组成，或者由审判员和人民陪审员组成合议庭。这意味着，在二审程序中，通常应由多名法官（或法官与人民陪审员）共同组成合议庭进行审理，而非单一法官独任审判。

2. 单一法官裁判的例外情况：

   • 尽管二审程序一般应由合议庭审理，但也存在某些例外情况，如经过阅卷、调查和询问当事人，对没有提出新的事实、证据或者理由，合议庭认为不需要开庭审理的，可以不开庭审理。然而，即便在这种情况下，裁判仍应由合议庭作出，而非单一法官。
   • 另外，如果案件符合简易程序或特别程序的适用条件（但二审程序通常不适用简易程序），且法律有特别规定允许独任审判，那么才可能出现单一法官裁判的情况。但在确定劳动关系纠纷的二审案件中，这种情况极为罕见。

3. 程序合法性的判断：

   • 如果二审案件由一个法官单独进行裁判，且没有合法的例外情形支持，那么这种程序很可能是不合法的。因为这违反了二审程序应由合议庭审理的基本原则。
   • 程序不合法可能导致裁判结果被撤销或改判，甚至可能引发对审判公正性的质疑。

4. 对当事人的建议：

   • 如果当事人发现二审案件由一个法官单独进行裁判，且认为这违反了法定程序，可以及时向法院提出异议，要求组成合议庭进行审理。
   • 如果已经收到了由单一法官作出的二审裁判文书，且认为程序不合法影响了裁判结果的公正性，可以考虑通过申请再审等法律途径来维护自己的合法权益。

总结来说，在确定劳动关系纠纷案件的二审中，一个法官进行裁判的程序通常是不合法的，因为二审程序应由合议庭进行审理。如果当事人遇到这种情况，应及时向法院提出异议或考虑通过法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。