禁业协议在只支付了部分款项后，其效力可能受到影响，但并非绝对无效。具体分析如下：

1. 协议条款的约定：

   • 禁业协议中通常会明确约定支付条款，包括支付金额、支付时间等。若协议中明确规定，在特定时间内未全额支付则协议失效或解除，那么只支付部分款项将导致协议失效。
   • 若协议中未明确规定支付不全的后果，则需要根据协议的其他条款及双方的真实意图来推断。

2. 法律原则的适用：

   • 根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，应当遵循诚实信用原则。若只支付部分款项，可能构成对协议的违约，但违约并不直接导致协议无效，而是可能产生违约责任。
   • 在某些情况下，若违约行为严重到足以影响协议的根本目的实现，守约方有权要求解除协议。

3. 实际履行情况的影响：

   • 若双方在实际履行过程中，对于只支付部分款项的行为达成了新的合意或默认，那么协议可能仍然有效。
   • 若支付部分款项后，双方对于剩余款项的支付时间、方式等进行了补充约定，并且该约定得到了有效履行，那么协议同样有效。

综上所述，禁业协议在只支付了部分款项后，其效力并非绝对无效。具体效力取决于协议条款的约定、法律原则的适用以及实际履行情况的影响。因此，在面临此类问题时，建议双方首先查阅协议条款，明确约定内容；其次，根据双方的真实意图及实际履行情况来综合判断协议的效力。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。