结论：交通事故导致住院，新农合已报销部分，保险公司是否赔偿需分情况讨论，具体如下：

1. 若交通事故责任在第三方（对方全责或主责）
   根据《社会保险法》第三十条，医疗费用依法应由第三人负担的，新农合不予报销（已报销的需退还）。此时，您应向对方车辆投保的交强险和商业三者险主张全额赔偿，包括医疗费、误工费等。若新农合已报销部分，保险公司可能要求您提供报销凭证，并在赔偿时扣除已报销金额（避免重复获赔），但实践中部分地区允许“补充报销”（即保险公司赔偿新农合未覆盖部分），需以保险合同条款为准。

2. 若您自身承担部分责任（如次责或同责）
   您可通过两种途径获赔：

   • 对方保险公司赔偿：按责任比例（如您承担30%责任，对方承担70%），对方保险公司赔偿您70%的损失，包括医疗费（新农合已报销部分可能被扣除）。
     
   • 自身车险赔偿：若您购买了车上人员责任险（座位险），可向己方保险公司申请赔偿剩余30%的损失，但同样需扣除新农合已报销部分（若保险合同有约定）。
     例外：若您未购买车上人员责任险，且对方无赔偿能力，部分地区新农合可能允许“事后追偿”（即您先承担费用，后续向对方追偿时新农合不要求退还已报销部分），但需符合当地政策。

3. 若您单方事故（无第三方责任）
   新农合报销后，若您购买了商业医疗险（如意外险、百万医疗险），可向保险公司申请理赔，但需注意：

   • 保险合同是否约定“社保已报销部分可扣除”（常见条款）；
     
   • 是否提供“报销型”或“给付型”保障（报销型需扣除新农合报销部分，给付型可叠加赔付）。
     

建议：

• 立即保留所有医疗票据、新农合报销凭证、交通事故责任认定书；
  
• 联系对方保险公司或己方保险公司，明确保险合同中“医疗费用赔偿”条款；
  
• 若保险公司拒赔或扣减不合理，可依据《保险法》第十七条（保险人需对免责条款明确说明）主张权利。
  

如有进一步细节（如责任比例、保险类型），可随时补充，我会为您具体分析。